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42F3 TCR Pcpc5/H-2Ld complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 4mxq |
Organism | CHIMERIC HOMO SAPIENS/MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.596Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ58 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | B |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | SPAPRPLDL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | NA |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSDAPGQLY | None | 10 |
CDRB2 | SYGAGN | None | 6 |
CDRB1 | NSHNY | None | 5 |
CDRA3 | AVSAKGTGSKLS | None | 12 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.70° |
BC1 | 72.07° |
BA | -64.15° |
AC2 | 75.68° |
AC1 | 123.06° |
dc | 16.76Å |
Docking angle | 47.77° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3tfk_DC | 107.12° | 71.92° | -64.14° | 75.40° | 123.45° | 16.86Å | 0.8 |
4p5t_FE | 108.86° | 72.42° | -64.20° | 75.08° | 122.58° | 16.54Å | 1.5 |
4p5t_BA | 108.71° | 72.59° | -63.65° | 75.17° | 122.54° | 16.55Å | 1.5 |
3c60_BA | 107.87° | 72.85° | -62.87° | 74.17° | 122.49° | 16.41Å | 2.2 |
7f5k_DC | 106.07° | 71.79° | -62.77° | 75.29° | 123.23° | 16.79Å | 2.2 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 3.3 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 5.4 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 5.6 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 5.6 |
2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 5.6 |