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the M33 TCR P3M33L/H-2 Ld complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 4nhu |
Organism | CHIMERIC HOMO SAPIENS/MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.9Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ35 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | G | NA |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
|
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AVSLHRPALT | None | 10 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.65° |
BC1 | 73.35° |
BA | -57.14° |
AC2 | 76.04° |
AC1 | 122.29° |
dc | 16.33Å |
Docking angle | 85.86° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3qh3_BA | 105.57° | 74.49° | -59.76° | 76.29° | 122.79° | 16.23Å | 2.9 |
3qeu_BA | 106.82° | 71.63° | -59.08° | 77.04° | 122.60° | 16.48Å | 3.0 |
2ckb_DC | 107.12° | 72.74° | -58.19° | 78.24° | 122.91° | 16.16Å | 3.0 |
5wkh_ED | 104.74° | 73.45° | -57.91° | 78.59° | 123.55° | 15.95Å | 3.1 |
1mwa_BA | 104.83° | 72.25° | -59.58° | 77.40° | 122.34° | 16.58Å | 3.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 7.3 |
4lsu_HL | 111.10° | 73.33° | -58.24° | 79.79° | 118.78° | 15.82Å | 7.6 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 7.6 |
5ggt_HL | 112.17° | 73.19° | -56.75° | 79.87° | 120.94° | 16.41Å | 7.7 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 8.0 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV9/TRAJ35 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | E | NA |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-Ld-2 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
|
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGGGGTLY | None | 9 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AVSLHRPALT | None | 10 |
CDRA2 | YYSGDPVV | None | 8 |
CDRA1 | YSATPY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.20° |
BC1 | 72.62° |
BA | -57.60° |
AC2 | 76.51° |
AC1 | 123.48° |
dc | 16.53Å |
Docking angle | 87.02° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3qeu_BA | 106.82° | 71.63° | -59.08° | 77.04° | 122.60° | 16.48Å | 2.1 |
2ckb_DC | 107.12° | 72.74° | -58.19° | 78.24° | 122.91° | 16.16Å | 2.2 |
5wkh_ED | 104.74° | 73.45° | -57.91° | 78.59° | 123.55° | 15.95Å | 2.8 |
1mwa_BA | 104.83° | 72.25° | -59.58° | 77.40° | 122.34° | 16.58Å | 2.8 |
7pbe_ED | 106.19° | 72.72° | -57.80° | 79.41° | 123.62° | 16.51Å | 2.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 6.9 |
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 7.3 |
5ggt_HL | 112.17° | 73.19° | -56.75° | 79.87° | 120.94° | 16.41Å | 7.4 |
3ujt_HL | 112.25° | 71.63° | -58.58° | 79.24° | 120.10° | 16.09Å | 7.6 |
4lsu_HL | 111.10° | 73.33° | -58.24° | 79.79° | 118.78° | 15.82Å | 7.6 |