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S2 Protein complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 4ozi |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.2Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | F |
| VA chain | E |
| VB IMGT details | TRBV20/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV4/TRAJ4 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | I |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | TRITICUM AESTIVUM |
| Antigen Sequence | QPFPQPELPYPGS |
| Antigen Length | 13 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | C | NA |
| MHC Type | GA |
| MHC Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | F | FASTA file |
|
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| VA | E | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | SAGVGGQETQY | None | 11 |
| CDRB2 | SNEGSKA | None | 7 |
| CDRB1 | DFQATT | None | 6 |
| CDRA3 | LVGDGGSFSGGYNKLI | None | 16 |
| CDRA2 | GYKTK | None | 5 |
| CDRA1 | NIATNDY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 99.58° |
| BC1 | 68.33° |
| BA | -59.15° |
| AC2 | 90.72° |
| AC1 | 129.08° |
| dc | 17.72Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5d7k_ED | 101.16° | 70.37° | -59.20° | 86.27° | 126.06° | 17.13Å | 6.0 |
| 4ozg_HG | 102.14° | 72.61° | -57.16° | 93.52° | 129.20° | 17.54Å | 6.1 |
| 7n5p_ED | 104.77° | 69.71° | -58.12° | 91.83° | 131.57° | 18.06Å | 6.1 |
| 7n4k_ED | 105.07° | 69.54° | -58.83° | 91.75° | 131.98° | 18.15Å | 6.4 |
| 3tyf_BA | 101.94° | 70.96° | -62.36° | 86.65° | 127.41° | 17.27Å | 6.5 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | H |
| VA chain | G |
| VB IMGT details | TRBV20/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV4/TRAJ4 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | J |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | TRITICUM AESTIVUM |
| Antigen Sequence | QPFPQPELPYPGS |
| Antigen Length | 13 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DQA1*0501 / HLA-DQB1*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | H | FASTA file |
|
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| VA | G | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | SAGVGGQETQY | None | 11 |
| CDRB2 | SNEGSKA | None | 7 |
| CDRB1 | DFQATT | None | 6 |
| CDRA3 | LVGDGGSFSGGYNKLI | None | 16 |
| CDRA2 | GYKTK | None | 5 |
| CDRA1 | NIATNDY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 100.50° |
| BC1 | 69.32° |
| BA | -58.30° |
| AC2 | 90.84° |
| AC1 | 129.08° |
| dc | 17.59Å |
| Docking angle | 45.77° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4ozg_HG | 102.14° | 72.61° | -57.16° | 93.52° | 129.20° | 17.54Å | 4.7 |
| 7n5p_ED | 104.77° | 69.71° | -58.12° | 91.83° | 131.57° | 18.06Å | 5.1 |
| 7n4k_ED | 105.07° | 69.54° | -58.83° | 91.75° | 131.98° | 18.15Å | 5.5 |
| 5d7k_ED | 101.16° | 70.37° | -59.20° | 86.27° | 126.06° | 17.13Å | 5.7 |
| 3pqy_TS | 105.91° | 69.89° | -57.66° | 90.05° | 131.38° | 18.13Å | 6.0 |