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Structural Basis of Chronic Beryllium Disease: Bridging the Gap Between allergic Hypersensitivity and auto Immunity
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 4p4k |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.8Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ28 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DPA1*0103 / HLA-DPB1*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLAQGGETQY | None | 12 |
| CDRB2 | YFSETQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
| CDRA3 | ALSLYSGAGSYQLT | None | 14 |
| CDRA2 | ATKADDK | None | 7 |
| CDRA1 | ATGYPS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.63° |
| BC1 | 72.04° |
| BA | -65.99° |
| AC2 | 75.64° |
| AC1 | 125.63° |
| dc | 16.65Å |
| Docking angle | 47.10° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6mnn_BA | 106.70° | 72.54° | -65.52° | 75.34° | 125.31° | 16.82Å | 0.8 |
| 6mno_BA | 106.91° | 72.42° | -65.42° | 75.23° | 125.46° | 16.80Å | 0.9 |
| 6mng_BA | 106.81° | 72.63° | -65.58° | 75.48° | 124.97° | 16.81Å | 1.0 |
| 4n5e_DC | 105.98° | 71.35° | -64.99° | 75.45° | 124.61° | 16.99Å | 1.8 |
| 6mkd_BA | 107.20° | 71.88° | -64.03° | 76.05° | 126.43° | 17.05Å | 2.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 5.4 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.5 |
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 6.7 |
| 1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 7.1 |
| 4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 7.6 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | H |
| VA chain | G |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ28 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | E | F |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DPA1*0103 / HLA-DPB1*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | H | FASTA file |
|
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| VA | G | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLAQGGETQY | None | 12 |
| CDRB2 | YFSETQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHRS | None | 5 |
| CDRA3 | ALSLYSGAGSYQLT | None | 14 |
| CDRA2 | ATKADDK | None | 7 |
| CDRA1 | ATGYPS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.28° |
| BC1 | 71.17° |
| BA | -65.08° |
| AC2 | 76.50° |
| AC1 | 126.10° |
| dc | 16.76Å |
| Docking angle | 48.76° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6mkd_BA | 107.20° | 71.88° | -64.03° | 76.05° | 126.43° | 17.05Å | 1.7 |
| 4n5e_DC | 105.98° | 71.35° | -64.99° | 75.45° | 124.61° | 16.99Å | 1.9 |
| 6mkr_BA | 106.96° | 72.53° | -64.05° | 76.20° | 126.29° | 17.13Å | 1.9 |
| 6mno_BA | 106.91° | 72.42° | -65.42° | 75.23° | 125.46° | 16.80Å | 2.0 |
| 6mnn_BA | 106.70° | 72.54° | -65.52° | 75.34° | 125.31° | 16.82Å | 2.1 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.0 |
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 7.2 |
| 1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 7.6 |
| 4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 7.7 |
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 7.9 |