Detailed entry information.
Click on any of the tabs below to see the detailed information about the structure.
14.C6 TCR complexed with MHC Class Ii I-ab/3K Peptide
Item | Info |
---|---|
PDB | 4p5t |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.263Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ16 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH2-AA / H2-AB1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
VB | B | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGDFWGDTLY | None | 11 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AASRDSGQKLV | None | 11 |
CDRA2 | IRSVSDK | None | 7 |
CDRA1 | NSAFDY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 108.71° |
BC1 | 72.59° |
BA | -63.65° |
AC2 | 75.17° |
AC1 | 122.54° |
dc | 16.55Å |
Docking angle | 44.57° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4mxq_DC | 107.70° | 72.07° | -64.15° | 75.68° | 123.06° | 16.76Å | 1.5 |
3c60_BA | 107.87° | 72.85° | -62.87° | 74.17° | 122.49° | 16.41Å | 1.6 |
3c60_FE | 107.89° | 72.90° | -62.78° | 74.22° | 122.48° | 16.41Å | 1.6 |
4n0c_DC | 109.77° | 71.54° | -64.83° | 74.82° | 122.75° | 16.47Å | 1.9 |
3tfk_DC | 107.12° | 71.92° | -64.14° | 75.40° | 123.45° | 16.86Å | 2.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 3.3 |
2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 5.1 |
3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 5.1 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 5.3 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 5.4 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ16 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | G | H |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | MH2-AA / H2-AB1*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
VB | F | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
VA | E | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGDFWGDTLY | None | 11 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AASRDSGQKLV | None | 11 |
CDRA2 | IRSVSDK | None | 7 |
CDRA1 | NSAFDY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 108.86° |
BC1 | 72.42° |
BA | -64.20° |
AC2 | 75.08° |
AC1 | 122.58° |
dc | 16.54Å |
Docking angle | 45.70° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4n0c_DC | 109.77° | 71.54° | -64.83° | 74.82° | 122.75° | 16.47Å | 1.4 |
4mxq_DC | 107.70° | 72.07° | -64.15° | 75.68° | 123.06° | 16.76Å | 1.5 |
1u3h_BA | 109.33° | 71.68° | -64.54° | 73.89° | 122.91° | 16.82Å | 1.6 |
3c60_BA | 107.87° | 72.85° | -62.87° | 74.17° | 122.49° | 16.41Å | 1.9 |
3c60_FE | 107.89° | 72.90° | -62.78° | 74.22° | 122.48° | 16.41Å | 2.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 3.2 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 4.8 |
2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 5.2 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 5.2 |
3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 5.3 |