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14.C6 TCR complexed with MHC Class Ii I-ab/3K Peptide
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 4p5t |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.263Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV14/TRAJ16 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | C | D |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | MH2-AA / H2-AB1*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDFWGDTLY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AASRDSGQKLV | None | 11 |
| CDRA2 | IRSVSDK | None | 7 |
| CDRA1 | NSAFDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 108.71° |
| BC1 | 72.59° |
| BA | -63.65° |
| AC2 | 75.17° |
| AC1 | 122.54° |
| dc | 16.55Å |
| Docking angle | 44.57° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4mxq_DC | 107.70° | 72.07° | -64.15° | 75.68° | 123.06° | 16.76Å | 1.5 |
| 3c60_BA | 107.87° | 72.85° | -62.87° | 74.17° | 122.49° | 16.41Å | 1.6 |
| 3c60_FE | 107.89° | 72.90° | -62.78° | 74.22° | 122.48° | 16.41Å | 1.6 |
| 4n0c_DC | 109.77° | 71.54° | -64.83° | 74.82° | 122.75° | 16.47Å | 1.9 |
| 3tfk_DC | 107.12° | 71.92° | -64.14° | 75.40° | 123.45° | 16.86Å | 2.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 3.3 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 5.1 |
| 3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 5.1 |
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 5.3 |
| 4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 5.4 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | F |
| VA chain | E |
| VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV14/TRAJ16 |
| Species | mouse |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | G | H |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | mouse |
| MHC IMGT details | MH2-AA / H2-AB1*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | F | FASTA file |
|
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| VA | E | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASGDFWGDTLY | None | 11 |
| CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
| CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
| CDRA3 | AASRDSGQKLV | None | 11 |
| CDRA2 | IRSVSDK | None | 7 |
| CDRA1 | NSAFDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 108.86° |
| BC1 | 72.42° |
| BA | -64.20° |
| AC2 | 75.08° |
| AC1 | 122.58° |
| dc | 16.54Å |
| Docking angle | 45.70° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4n0c_DC | 109.77° | 71.54° | -64.83° | 74.82° | 122.75° | 16.47Å | 1.4 |
| 4mxq_DC | 107.70° | 72.07° | -64.15° | 75.68° | 123.06° | 16.76Å | 1.5 |
| 1u3h_BA | 109.33° | 71.68° | -64.54° | 73.89° | 122.91° | 16.82Å | 1.6 |
| 3c60_BA | 107.87° | 72.85° | -62.87° | 74.17° | 122.49° | 16.41Å | 1.9 |
| 3c60_FE | 107.89° | 72.90° | -62.78° | 74.22° | 122.48° | 16.41Å | 2.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 3.2 |
| 1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 4.8 |
| 2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 5.2 |
| 4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 5.2 |
| 3wih_IM | 112.74° | 73.69° | -62.39° | 76.91° | 120.77° | 15.54Å | 5.3 |