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Structure of Human Mr1-5-Op-Ru in complex with Human Mait Trbv20 TCR
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 4pj8 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.3Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV20/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV1/TRAJ33 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | A |
| Antigen Type | Hapten |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen name | 1-DEOXY-1-({2,6-DIOXO-5-[(E)-(2-OXOPROPYLIDENE)AMINO]-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-D-RIBITOL |
| Antigen residue | 2LJ |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MR1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | MR1*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | SARTSGDFGEQF | None | 12 |
| CDRB2 | SNEGSKA | None | 7 |
| CDRB1 | DFQATT | None | 6 |
| CDRA3 | AFMDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | NVLDGL | None | 6 |
| CDRA1 | TSGFNG | A1-6-F | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.12° |
| BC1 | 69.08° |
| BA | -49.98° |
| AC2 | 85.22° |
| AC1 | 131.61° |
| dc | 17.49Å |
| Docking angle | 53.52° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2cde_BA | 102.73° | 68.97° | -51.15° | 85.99° | 130.58° | 17.61Å | 1.8 |
| 2cde_DC | 103.64° | 70.43° | -50.60° | 83.45° | 129.89° | 17.47Å | 2.9 |
| 2cde_FE | 103.80° | 70.90° | -51.77° | 85.50° | 129.72° | 17.10Å | 3.3 |
| 4dzb_BA | 105.86° | 68.09° | -51.34° | 83.86° | 131.28° | 17.17Å | 3.5 |
| 2eys_BA | 105.18° | 68.91° | -48.08° | 87.29° | 132.33° | 17.71Å | 3.6 |