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Crystal Structure of Tk3 TCR-HLA-B*35:08-Hpvg complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 4pri |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.4Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV9/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV20/TRAJ52 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HUMAN HERPESVIRUS 4 |
Antigen Sequence | HPVGEADYFEY |
Antigen Length | 11 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*3508 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSARSGELF | None | 10 |
CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
CDRA3 | AVQDLGTSGSRLT | A3-13-C | 13 |
CDRA2 | LYSAGEE | None | 7 |
CDRA1 | VSGLRG | None | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 101.93° |
BC1 | 74.75° |
BA | -59.39° |
AC2 | 75.41° |
AC1 | 122.57° |
dc | 16.15Å |
Docking angle | 42.70° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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4prp_ED | 101.53° | 75.40° | -59.36° | 75.58° | 122.17° | 16.09Å | 0.9 |
3mv9_ED | 101.77° | 75.07° | -59.09° | 75.92° | 121.92° | 16.08Å | 1.0 |
3mv7_ED | 101.20° | 75.45° | -59.30° | 74.94° | 122.22° | 15.99Å | 1.2 |
3mv8_ED | 100.96° | 75.00° | -59.50° | 74.93° | 121.87° | 16.01Å | 1.3 |
6uz1_JI | 103.24° | 72.55° | -60.29° | 76.44° | 122.02° | 16.41Å | 3.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 8.3 |