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Structural Basis For ineffective T-Cell Responses to MHC anchor Residue Improved Heteroclitic Peptides
Item | Info |
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PDB | 4qok |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV30/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ27 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | EAAGIGILTV |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | AWSETGLGTGELF | None | 13 |
CDRB2 | SVGIG | None | 5 |
CDRB1 | GTSNPN | None | 6 |
CDRA3 | AVNVAGKST | None | 9 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 102.00° |
BC1 | 76.45° |
BA | -57.56° |
AC2 | 81.92° |
AC1 | 122.13° |
dc | 15.75Å |
Docking angle | 47.66° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3hg1_ED | 102.96° | 75.98° | -56.36° | 81.48° | 122.11° | 15.76Å | 1.7 |
7q9a_ED | 102.66° | 75.50° | -56.57° | 81.42° | 123.12° | 15.86Å | 1.9 |
6eqa_ED | 103.53° | 76.42° | -57.80° | 80.53° | 122.62° | 15.68Å | 2.1 |
7q99_ED | 103.40° | 75.70° | -58.23° | 80.04° | 122.68° | 15.69Å | 2.6 |
6tmo_ED | 100.72° | 75.28° | -56.86° | 83.49° | 121.07° | 15.58Å | 2.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.6 |
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 8.6 |
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 9.1 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.3 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 9.3 |