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Crystal Structure of Staphylococcal Enterotoxin E in complex with a T Cell Receptor
Item | Info |
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PDB | 4udu |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.5Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV22/TRAJ40 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Protein |
Antigen Organism | STAPHYLOCOCCUS AUREUS |
Antigen Sequence | SEKSEEINEKDLRKKSELQRNALSNLRQIYYYNEKAITENKESDDQFLENTLLFKGFFTGHPWYNDLLVDLGSKDATNKYKGKKVDLYGAYYGYQCAGGTPNKTACMYGGVTLHDNNRLTEEKKVPINLWIDGKQTTVPIDKVKTSKKEVTVQELDLQARHYLHGKFGLYNSDSFGGKVQRGLIVFHSSEGSTVSYDLFDAQGQYPDTLLRIYRDNKTINSENLHIDLYLYTT |
Antigen Length | 233 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSLGGYEQY | None | 10 |
CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
CDRB1 | SEHNR | None | 5 |
CDRA3 | AVDSATSGTYKYI | None | 13 |
CDRA2 | IPSGT | None | 5 |
CDRA1 | DSVNN | A1-5-B | 5 |
Angle | Value |
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BC2 | 102.41° |
BC1 | 72.02° |
BA | -57.03° |
AC2 | 81.05° |
AC1 | 122.79° |
dc | 15.65Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7n6e_HG | 102.63° | 71.19° | -56.97° | 81.44° | 123.69° | 16.62Å | 1.6 |
3vxr_ED | 101.24° | 72.51° | -56.96° | 80.94° | 120.91° | 15.73Å | 2.3 |
7t2d_ED | 102.83° | 73.36° | -58.93° | 80.80° | 122.46° | 16.08Å | 2.4 |
6jxr_nm | 102.17° | 73.31° | -56.70° | 81.49° | 124.59° | 16.87Å | 2.6 |
7pdx_DC | 102.41° | 72.11° | -55.33° | 83.01° | 122.30° | 16.41Å | 2.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.5 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 7.2 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 7.3 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 7.5 |
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 7.7 |