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Crystal Structure of Human TCR alpha Chain-Trav21-Traj8, Beta Chain-Trbv7-8, antigen-Presenting Glycoprotein CD1D, and Beta-2-Microglobulin
Item | Info |
---|---|
PDB | 4ww2 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.48Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV21/TRAJ8 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | (15Z)-N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]tetracos-15-enamide |
Antigen residue | JLS |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | F |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | CD1D*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSSRDLEQY | None | 10 |
CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
CDRA3 | AGVNTGFQKLV | None | 11 |
CDRA2 | IQSSQRE | None | 7 |
CDRA1 | DSAIYN | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 102.10° |
BC1 | 74.86° |
BA | -55.92° |
AC2 | 80.68° |
AC1 | 120.96° |
dc | 15.48Å |
Docking angle | 54.12° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7nmg_ED | 101.49° | 74.29° | -55.01° | 81.27° | 120.91° | 16.16Å | 1.5 |
3hg1_ED | 102.96° | 75.98° | -56.36° | 81.48° | 122.11° | 15.76Å | 2.1 |
7nmf_ED | 102.41° | 74.13° | -54.73° | 81.83° | 121.62° | 16.17Å | 2.1 |
7nme_ED | 101.80° | 74.80° | -54.27° | 81.80° | 120.98° | 16.24Å | 2.2 |
7q9a_ED | 102.66° | 75.50° | -56.57° | 81.42° | 123.12° | 15.86Å | 2.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.2 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 7.9 |
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 8.1 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 8.3 |
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 8.5 |