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Crystal Structure of C25-Nlv-HLA-A2 complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5d2n |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.099Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV26/TRAJ43 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | I |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | CYTOMEGALOVIRUS |
| Antigen Sequence | NLVPMVATV |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLAPGTTNEKLF | None | 14 |
| CDRB2 | FNYEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
| CDRA3 | ILDNNNDMR | None | 9 |
| CDRA2 | GLTSN | None | 5 |
| CDRA1 | TISGTDY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 110.19° |
| BC1 | 72.39° |
| BA | -59.01° |
| AC2 | 86.80° |
| AC1 | 130.58° |
| dc | 17.29Å |
| Docking angle | 60.93° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7rrg_ED | 110.74° | 73.78° | -58.09° | 86.50° | 131.23° | 16.91Å | 1.9 |
| 4z7u_HG | 108.35° | 73.51° | -58.43° | 88.99° | 131.96° | 17.40Å | 3.4 |
| 4z7u_FE | 107.76° | 73.67° | -57.94° | 88.53° | 131.88° | 17.47Å | 3.7 |
| 3dxa_ED | 112.24° | 72.38° | -62.37° | 87.77° | 130.29° | 18.02Å | 4.1 |
| 3dxa_JI | 112.22° | 71.85° | -61.83° | 88.91° | 130.24° | 18.26Å | 4.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 6.7 |
| 2w60_AB | 111.29° | 72.16° | -56.81° | 86.34° | 123.74° | 16.34Å | 7.3 |
| 4xvt_HL | 115.50° | 74.82° | -56.42° | 84.75° | 127.14° | 15.62Å | 7.7 |
| 4xvs_HL | 115.53° | 75.40° | -59.24° | 84.30° | 126.77° | 16.08Å | 7.7 |
| 5i9q_HL | 112.63° | 70.30° | -55.63° | 83.99° | 124.98° | 16.79Å | 7.8 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | F |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV26/TRAJ43 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | G |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | CYTOMEGALOVIRUS |
| Antigen Sequence | NLVPMVATV |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | H | L |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | F | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLAPGTTNEKLF | None | 14 |
| CDRB2 | FNYEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
| CDRA3 | ILDNNNDMR | None | 9 |
| CDRA2 | GLTSN | None | 5 |
| CDRA1 | TISGTDY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 110.14° |
| BC1 | 72.01° |
| BA | -59.58° |
| AC2 | 87.06° |
| AC1 | 130.65° |
| dc | 17.38Å |
| Docking angle | 64.50° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7rrg_ED | 110.74° | 73.78° | -58.09° | 86.50° | 131.23° | 16.91Å | 2.6 |
| 4z7u_HG | 108.35° | 73.51° | -58.43° | 88.99° | 131.96° | 17.40Å | 3.5 |
| 3dxa_ED | 112.24° | 72.38° | -62.37° | 87.77° | 130.29° | 18.02Å | 3.7 |
| 3dxa_JI | 112.22° | 71.85° | -61.83° | 88.91° | 130.24° | 18.26Å | 3.7 |
| 1kgc_ED | 109.35° | 71.85° | -63.15° | 86.71° | 130.57° | 17.26Å | 3.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 7.0 |
| 2w60_AB | 111.29° | 72.16° | -56.81° | 86.34° | 123.74° | 16.34Å | 7.6 |
| 4xvs_HL | 115.53° | 75.40° | -59.24° | 84.30° | 126.77° | 16.08Å | 8.1 |
| 4lsv_HL | 112.42° | 71.79° | -57.42° | 87.34° | 123.18° | 16.92Å | 8.1 |
| 4jpw_HL | 112.65° | 71.66° | -58.66° | 89.39° | 123.36° | 16.92Å | 8.1 |