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Crystal Structure of C25-Nlv-HLA-A2 complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 5d2n |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.099Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV26/TRAJ43 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | I |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | CYTOMEGALOVIRUS |
Antigen Sequence | NLVPMVATV |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLAPGTTNEKLF | None | 14 |
CDRB2 | FNYEAQ | None | 6 |
CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
CDRA3 | ILDNNNDMR | None | 9 |
CDRA2 | GLTSN | None | 5 |
CDRA1 | TISGTDY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 110.19° |
BC1 | 72.39° |
BA | -59.01° |
AC2 | 86.80° |
AC1 | 130.58° |
dc | 17.29Å |
Docking angle | 60.93° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7rrg_ED | 110.74° | 73.78° | -58.09° | 86.50° | 131.23° | 16.91Å | 1.9 |
4z7u_HG | 108.35° | 73.51° | -58.43° | 88.99° | 131.96° | 17.40Å | 3.4 |
4z7u_FE | 107.76° | 73.67° | -57.94° | 88.53° | 131.88° | 17.47Å | 3.7 |
3dxa_ED | 112.24° | 72.38° | -62.37° | 87.77° | 130.29° | 18.02Å | 4.1 |
3dxa_JI | 112.22° | 71.85° | -61.83° | 88.91° | 130.24° | 18.26Å | 4.2 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 6.7 |
2w60_AB | 111.29° | 72.16° | -56.81° | 86.34° | 123.74° | 16.34Å | 7.3 |
4xvt_HL | 115.50° | 74.82° | -56.42° | 84.75° | 127.14° | 15.62Å | 7.7 |
4xvs_HL | 115.53° | 75.40° | -59.24° | 84.30° | 126.77° | 16.08Å | 7.7 |
5i9q_HL | 112.63° | 70.30° | -55.63° | 83.99° | 124.98° | 16.79Å | 7.8 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV26/TRAJ43 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | G |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | CYTOMEGALOVIRUS |
Antigen Sequence | NLVPMVATV |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | H | L |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLAPGTTNEKLF | None | 14 |
CDRB2 | FNYEAQ | None | 6 |
CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
CDRA3 | ILDNNNDMR | None | 9 |
CDRA2 | GLTSN | None | 5 |
CDRA1 | TISGTDY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 110.14° |
BC1 | 72.01° |
BA | -59.58° |
AC2 | 87.06° |
AC1 | 130.65° |
dc | 17.38Å |
Docking angle | 64.50° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7rrg_ED | 110.74° | 73.78° | -58.09° | 86.50° | 131.23° | 16.91Å | 2.6 |
4z7u_HG | 108.35° | 73.51° | -58.43° | 88.99° | 131.96° | 17.40Å | 3.5 |
3dxa_ED | 112.24° | 72.38° | -62.37° | 87.77° | 130.29° | 18.02Å | 3.7 |
3dxa_JI | 112.22° | 71.85° | -61.83° | 88.91° | 130.24° | 18.26Å | 3.7 |
1kgc_ED | 109.35° | 71.85° | -63.15° | 86.71° | 130.57° | 17.26Å | 3.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 7.0 |
2w60_AB | 111.29° | 72.16° | -56.81° | 86.34° | 123.74° | 16.34Å | 7.6 |
4xvs_HL | 115.53° | 75.40° | -59.24° | 84.30° | 126.77° | 16.08Å | 8.1 |
4lsv_HL | 112.42° | 71.79° | -57.42° | 87.34° | 123.18° | 16.92Å | 8.1 |
4jpw_HL | 112.65° | 71.66° | -58.66° | 89.39° | 123.36° | 16.92Å | 8.1 |