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Crystal Structure of Staphylococcal Enterotoxin E in complex with a T Cell Receptor
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5fka |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.4Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV22/TRAJ40 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Protein |
| Antigen Organism | STAPHYLOCOCCUS AUREUS |
| Antigen Sequence | SEKSEEINEKDLRKKSELQRNALSNLRQIYYYNEKAITENKESDDQFLENTLLFKGFFTGHPWYNDLLVDLGSKDATNKYKGKKVDLYGAYYGYQCAGGTPNKTACMYGGVTLHDNNRLTEEKKVPINLWIDGKQTTVPIDKVKTSKKEVTVQELDLQARHYLHGKFGLYNSDSFGGKVQRGLIVFHSSEGSTVSYDLFDAQGQYPDTLLRIYRDNKTINSENLHIDLYLYTT |
| Antigen Length | 233 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLGGYEQY | None | 10 |
| CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SEHNR | None | 5 |
| CDRA3 | AVDSATSGTYKYI | None | 13 |
| CDRA2 | IPSGT | None | 5 |
| CDRA1 | DSVNN | A1-5-B | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.41° |
| BC1 | 72.55° |
| BA | -49.57° |
| AC2 | 85.03° |
| AC1 | 124.03° |
| dc | 15.76Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5men_ED | 102.47° | 71.74° | -49.32° | 86.57° | 122.36° | 15.97Å | 2.6 |
| 6xqp_HG | 103.80° | 71.51° | -48.22° | 84.50° | 126.59° | 16.88Å | 3.3 |
| 1ymm_ED | 102.52° | 73.47° | -48.86° | 81.32° | 123.63° | 15.82Å | 4.0 |
| 3vxm_ED | 100.10° | 73.86° | -49.65° | 86.85° | 125.85° | 16.43Å | 4.4 |
| 6xqp_FE | 104.15° | 71.19° | -47.39° | 84.80° | 127.18° | 17.21Å | 4.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.5 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 7.4 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 7.6 |
| 1cft_BA | 107.61° | 67.68° | -51.49° | 84.71° | 119.99° | 16.31Å | 7.9 |
| 1cfn_BA | 107.76° | 67.31° | -50.48° | 85.90° | 120.10° | 16.45Å | 8.0 |