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Crystal Structure of B4.2.3 T-Cell Receptor and H2-Dd P18-I10 complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 5ivx |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.1Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV29/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ38 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | RGPGRAFVTI |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-D1*02 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
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VA | E | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSLGHTEVF | None | 10 |
CDRB2 | SYDVDS | None | 6 |
CDRB1 | MSHET | None | 5 |
CDRA3 | AASASFGDNSKLI | None | 13 |
CDRA2 | ILSVSNK | None | 7 |
CDRA1 | NSAFDY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.11° |
BC1 | 70.76° |
BA | -57.75° |
AC2 | 79.87° |
AC1 | 126.86° |
dc | 17.29Å |
Docking angle | 30.15° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5iw1_BA | 104.32° | 70.27° | -57.91° | 80.58° | 126.27° | 17.21Å | 1.3 |
6rpb_ON | 103.91° | 70.36° | -56.96° | 80.73° | 124.65° | 17.02Å | 2.8 |
2e7l_CB | 104.72° | 71.98° | -59.47° | 80.72° | 125.33° | 16.84Å | 2.8 |
5yxn_BA | 103.61° | 72.46° | -58.14° | 80.52° | 125.75° | 16.26Å | 2.8 |
5jzi_JI | 103.64° | 71.67° | -57.46° | 81.83° | 125.91° | 16.54Å | 2.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 7.0 |
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 7.1 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.9 |
2dtg_CD | 112.45° | 70.45° | -56.63° | 81.76° | 125.38° | 16.00Å | 7.9 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 8.0 |