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Crystal Structure of B4.2.3 T-Cell Receptor
Item | Info |
---|---|
PDB | 5iw1 |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.001Å |
Number of TCRs | 3 |
This PDB has 3 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV29/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ38 |
Species | mouse |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSLGHTEVF | None | 10 |
CDRB2 | SYDVDS | None | 6 |
CDRB1 | MSHET | None | 5 |
CDRA3 | AASASFGDNSKLI | None | 13 |
CDRA2 | ILSVSNK | None | 7 |
CDRA1 | NSAFDY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.32° |
BC1 | 70.27° |
BA | -57.91° |
AC2 | 80.58° |
AC1 | 126.27° |
dc | 17.21Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5ivx_FE | 105.11° | 70.76° | -57.75° | 79.87° | 126.86° | 17.29Å | 1.3 |
6rpb_ON | 103.91° | 70.36° | -56.96° | 80.73° | 124.65° | 17.02Å | 1.9 |
5jzi_JI | 103.64° | 71.67° | -57.46° | 81.83° | 125.91° | 16.54Å | 2.2 |
6rpb_TS | 103.90° | 70.20° | -55.75° | 81.00° | 125.38° | 17.10Å | 2.4 |
2e7l_CB | 104.72° | 71.98° | -59.47° | 80.72° | 125.33° | 16.84Å | 2.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 7.3 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.6 |
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 7.6 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 7.8 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 7.9 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV29/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ38 |
Species | mouse |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLGHTEVF | None | 10 |
CDRB2 | SYDVDS | None | 6 |
CDRB1 | MSHET | None | 5 |
CDRA3 | AASASFGDNSKLI | None | 13 |
CDRA2 | ILSVSNK | None | 7 |
CDRA1 | NSAFDY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.00° |
BC1 | 72.68° |
BA | -58.40° |
AC2 | 78.03° |
AC1 | 127.15° |
dc | 16.80Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
8dnt_IH | 107.67° | 72.60° | -59.28° | 77.90° | 124.75° | 16.64Å | 2.7 |
7na5_ED | 107.65° | 72.03° | -60.43° | 77.41° | 125.33° | 16.45Å | 3.0 |
8dnt_PM | 107.67° | 71.80° | -59.96° | 78.60° | 124.64° | 16.70Å | 3.2 |
2nx5_ED | 108.26° | 71.73° | -60.30° | 78.17° | 124.77° | 16.81Å | 3.4 |
5ivx_FE | 105.11° | 70.76° | -57.75° | 79.87° | 126.86° | 17.29Å | 3.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 6.9 |
2dtg_CD | 112.45° | 70.45° | -56.63° | 81.76° | 125.38° | 16.00Å | 7.4 |
3w14_PQ | 112.54° | 71.65° | -60.45° | 80.80° | 123.36° | 16.03Å | 7.7 |
4s1s_HL | 113.28° | 75.84° | -59.86° | 79.98° | 125.57° | 15.71Å | 7.7 |
4jj5_BA | 113.30° | 75.08° | -58.94° | 79.43° | 123.53° | 16.49Å | 7.8 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV29/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ38 |
Species | mouse |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
|
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VA | E | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLGHTEVF | None | 10 |
CDRB2 | SYDVDS | None | 6 |
CDRB1 | MSHET | None | 5 |
CDRA3 | AASASFGDNSKLI | None | 13 |
CDRA2 | ILSVSNK | None | 7 |
CDRA1 | NSAFDY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 102.75° |
BC1 | 72.60° |
BA | -57.69° |
AC2 | 79.29° |
AC1 | 125.17° |
dc | 17.16Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7ow5_ED | 102.88° | 72.70° | -58.86° | 79.21° | 125.23° | 17.12Å | 1.2 |
7ow6_ED | 102.49° | 72.80° | -58.89° | 79.33° | 124.44° | 16.95Å | 1.5 |
5yxn_BA | 103.61° | 72.46° | -58.14° | 80.52° | 125.75° | 16.26Å | 1.9 |
4qrp_ED | 101.66° | 74.29° | -56.57° | 79.64° | 125.83° | 16.91Å | 2.4 |
7pb2_JI | 103.13° | 73.39° | -57.79° | 76.91° | 125.64° | 16.86Å | 2.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 7.7 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.2 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 8.3 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 8.6 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.9 |