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Bel602-Dq8.5-Glia-Gamma1 complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5ksa |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV9/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV20/TRAJ33 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | J |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | TRITICUM AESTIVUM |
| Antigen Sequence | QPQQSFPEQEA |
| Antigen Length | 11 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DQA1*0501 / HLA-DQB1*0302 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSVAGTPSYEQY | None | 13 |
| CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
| CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
| CDRA3 | AVQFMDSNYQLI | None | 12 |
| CDRA2 | LYSAGEE | None | 7 |
| CDRA1 | VSGLRG | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 110.01° |
| BC1 | 73.34° |
| BA | -58.57° |
| AC2 | 80.22° |
| AC1 | 126.34° |
| dc | 16.79Å |
| Docking angle | 41.68° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8wul_HG | 109.38° | 72.89° | -59.66° | 78.25° | 124.81° | 16.60Å | 2.8 |
| 8wul_DC | 110.87° | 73.17° | -59.74° | 78.20° | 125.05° | 16.54Å | 2.8 |
| 2q86_BA | 109.01° | 73.63° | -59.77° | 78.68° | 124.18° | 16.58Å | 3.1 |
| 8wte_BA | 108.67° | 72.35° | -57.85° | 80.21° | 123.57° | 16.34Å | 3.3 |
| 2nx5_UT | 108.15° | 71.49° | -60.47° | 80.39° | 125.18° | 16.73Å | 3.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 4.2 |
| 4s1s_HL | 113.28° | 75.84° | -59.86° | 79.98° | 125.57° | 15.71Å | 4.5 |
| 4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 4.5 |
| 2dtg_CD | 112.45° | 70.45° | -56.63° | 81.76° | 125.38° | 16.00Å | 4.7 |
| 3w14_PQ | 112.54° | 71.65° | -60.45° | 80.80° | 123.36° | 16.03Å | 4.8 |