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Bel602-Dq8.5-Glia-Gamma1 complex
Item | Info |
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PDB | 5ksa |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV9/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV20/TRAJ33 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | J |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | TRITICUM AESTIVUM |
Antigen Sequence | QPQQSFPEQEA |
Antigen Length | 11 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DQA1*0501 / HLA-DQB1*0302 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSVAGTPSYEQY | None | 13 |
CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
CDRA3 | AVQFMDSNYQLI | None | 12 |
CDRA2 | LYSAGEE | None | 7 |
CDRA1 | VSGLRG | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 110.01° |
BC1 | 73.34° |
BA | -58.57° |
AC2 | 80.22° |
AC1 | 126.34° |
dc | 16.79Å |
Docking angle | 41.68° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
8wul_HG | 109.38° | 72.89° | -59.66° | 78.25° | 124.81° | 16.60Å | 2.8 |
8wul_DC | 110.87° | 73.17° | -59.74° | 78.20° | 125.05° | 16.54Å | 2.8 |
2q86_BA | 109.01° | 73.63° | -59.77° | 78.68° | 124.18° | 16.58Å | 3.1 |
8wte_BA | 108.67° | 72.35° | -57.85° | 80.21° | 123.57° | 16.34Å | 3.3 |
2nx5_UT | 108.15° | 71.49° | -60.47° | 80.39° | 125.18° | 16.73Å | 3.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 4.2 |
4s1s_HL | 113.28° | 75.84° | -59.86° | 79.98° | 125.57° | 15.71Å | 4.5 |
4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 4.5 |
2dtg_CD | 112.45° | 70.45° | -56.63° | 81.76° | 125.38° | 16.00Å | 4.7 |
3w14_PQ | 112.54° | 71.65° | -60.45° | 80.80° | 123.36° | 16.03Å | 4.8 |