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T15-Dq8.5-Glia-Gamma1 complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5ksb |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.9Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | F |
| VA chain | E |
| VB IMGT details | TRBV9/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV20/TRAJ6 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | I |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | TRITICUM AESTIVUM |
| Antigen Sequence | GPQQSFPEQEA |
| Antigen Length | 11 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | C | D |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DQA1*0501 / HLA-DQB1*0302 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | F | FASTA file |
|
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| VA | E | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSNRGLGTDTQY | None | 13 |
| CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
| CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
| CDRA3 | AVQASGGSYIPT | None | 12 |
| CDRA2 | LYSAGEE | None | 7 |
| CDRA1 | VSGLRG | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 100.41° |
| BC1 | 72.25° |
| BA | -54.96° |
| AC2 | 79.93° |
| AC1 | 125.35° |
| dc | 16.44Å |
| Docking angle | 33.37° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7ams_BA | 100.34° | 71.98° | -55.69° | 80.34° | 124.67° | 16.63Å | 1.1 |
| 4eup_HG | 100.47° | 71.36° | -55.50° | 80.20° | 125.61° | 16.91Å | 1.2 |
| 7amq_BA | 100.33° | 71.59° | -54.33° | 80.53° | 125.07° | 16.75Å | 1.2 |
| 7amr_BA | 100.70° | 72.13° | -55.83° | 80.70° | 124.34° | 16.62Å | 1.6 |
| 6vm9_ED | 101.11° | 71.23° | -53.89° | 80.26° | 126.06° | 16.94Å | 1.9 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.5 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.3 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.9 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | H |
| VA chain | G |
| VB IMGT details | TRBV9/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV20/TRAJ6 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | J |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | TRITICUM AESTIVUM |
| Antigen Sequence | GPQQSFPEQEA |
| Antigen Length | 11 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DQA1*0501 / HLA-DQB1*0302 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | H | FASTA file |
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| VA | G | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSNRGLGTDTQY | None | 13 |
| CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
| CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
| CDRA3 | AVQASGGSYIPT | None | 12 |
| CDRA2 | LYSAGEE | None | 7 |
| CDRA1 | VSGLRG | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 100.64° |
| BC1 | 72.26° |
| BA | -54.88° |
| AC2 | 80.22° |
| AC1 | 125.62° |
| dc | 16.39Å |
| Docking angle | 33.34° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4eup_HG | 100.47° | 71.36° | -55.50° | 80.20° | 125.61° | 16.91Å | 1.2 |
| 7amq_BA | 100.33° | 71.59° | -54.33° | 80.53° | 125.07° | 16.75Å | 1.2 |
| 7ams_BA | 100.34° | 71.98° | -55.69° | 80.34° | 124.67° | 16.63Å | 1.3 |
| 7amr_BA | 100.70° | 72.13° | -55.83° | 80.70° | 124.34° | 16.62Å | 1.7 |
| 6vm9_ED | 101.11° | 71.23° | -53.89° | 80.26° | 126.06° | 16.94Å | 1.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.3 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.1 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.7 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 9.9 |