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T15-Dq8.5-Glia-Gamma1 complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 5ksb |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.9Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV9/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV20/TRAJ6 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | I |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | TRITICUM AESTIVUM |
Antigen Sequence | GPQQSFPEQEA |
Antigen Length | 11 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DQA1*0501 / HLA-DQB1*0302 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
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VA | E | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSNRGLGTDTQY | None | 13 |
CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
CDRA3 | AVQASGGSYIPT | None | 12 |
CDRA2 | LYSAGEE | None | 7 |
CDRA1 | VSGLRG | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 100.41° |
BC1 | 72.25° |
BA | -54.96° |
AC2 | 79.93° |
AC1 | 125.35° |
dc | 16.44Å |
Docking angle | 33.37° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7ams_BA | 100.34° | 71.98° | -55.69° | 80.34° | 124.67° | 16.63Å | 1.1 |
4eup_HG | 100.47° | 71.36° | -55.50° | 80.20° | 125.61° | 16.91Å | 1.2 |
7amq_BA | 100.33° | 71.59° | -54.33° | 80.53° | 125.07° | 16.75Å | 1.2 |
7amr_BA | 100.70° | 72.13° | -55.83° | 80.70° | 124.34° | 16.62Å | 1.6 |
6vm9_ED | 101.11° | 71.23° | -53.89° | 80.26° | 126.06° | 16.94Å | 1.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.5 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.3 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.9 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV9/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV20/TRAJ6 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | J |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | TRITICUM AESTIVUM |
Antigen Sequence | GPQQSFPEQEA |
Antigen Length | 11 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DQA1*0501 / HLA-DQB1*0302 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSNRGLGTDTQY | None | 13 |
CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
CDRA3 | AVQASGGSYIPT | None | 12 |
CDRA2 | LYSAGEE | None | 7 |
CDRA1 | VSGLRG | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 100.64° |
BC1 | 72.26° |
BA | -54.88° |
AC2 | 80.22° |
AC1 | 125.62° |
dc | 16.39Å |
Docking angle | 33.34° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4eup_HG | 100.47° | 71.36° | -55.50° | 80.20° | 125.61° | 16.91Å | 1.2 |
7amq_BA | 100.33° | 71.59° | -54.33° | 80.53° | 125.07° | 16.75Å | 1.2 |
7ams_BA | 100.34° | 71.98° | -55.69° | 80.34° | 124.67° | 16.63Å | 1.3 |
7amr_BA | 100.70° | 72.13° | -55.83° | 80.70° | 124.34° | 16.62Å | 1.7 |
6vm9_ED | 101.11° | 71.23° | -53.89° | 80.26° | 126.06° | 16.94Å | 1.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 8.3 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.1 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.7 |
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 9.9 |