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Crystal Structure of Murine P14 TCR/ H-2Db complex with Pa, Modified Gp33 Peptide From Lcmv
Item | Info |
---|---|
PDB | 5m01 |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 1.95Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ48 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | LYMPHOCYTIC CHORIOMENINGITIS VIRUS |
Antigen Sequence | KAPANFATM |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-D1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSDAGGRNTLY | None | 12 |
CDRB2 | SYVADS | None | 6 |
CDRB1 | NNHDY | None | 5 |
CDRA3 | AALYGNEKIT | None | 10 |
CDRA2 | ILSVSDK | None | 7 |
CDRA1 | DSTFNY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.90° |
BC1 | 73.05° |
BA | -67.01° |
AC2 | 73.42° |
AC1 | 126.75° |
dc | 16.70Å |
Docking angle | 42.67° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5m02_HG | 104.84° | 73.41° | -67.56° | 72.98° | 126.46° | 16.68Å | 0.8 |
6g9q_HG | 105.83° | 72.82° | -66.70° | 73.31° | 126.81° | 16.80Å | 1.0 |
5m00_HG | 105.73° | 72.66° | -66.26° | 73.27° | 127.19° | 16.70Å | 1.3 |
6v15_ED | 106.35° | 73.80° | -66.28° | 73.55° | 124.64° | 16.63Å | 2.8 |
3mff_BA | 106.92° | 71.88° | -68.46° | 73.85° | 127.42° | 16.76Å | 2.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 6.7 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.9 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 8.2 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 8.3 |
4uim_AB | 109.49° | 71.42° | -65.63° | 76.99° | 119.77° | 15.95Å | 9.4 |