Detailed entry information.
Click on any of the tabs below to see the detailed information about the structure.
868 TCR Specific For Hla a02 Presenting Hiv Epitope Slyntvatl
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5nmd |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.07Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ41 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSDTVSYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | YYEEEE | None | 6 |
| CDRB1 | QGHDT | None | 5 |
| CDRA3 | AVRTNSGYALN | None | 11 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 107.41° |
| BC1 | 73.15° |
| BA | -54.33° |
| AC2 | 82.40° |
| AC1 | 121.57° |
| dc | 15.95Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1zgl_PM | 105.89° | 74.82° | -54.13° | 81.91° | 124.29° | 16.53Å | 3.6 |
| 4jry_ED | 104.70° | 73.36° | -55.83° | 83.31° | 120.02° | 15.64Å | 3.6 |
| 3w0w_ED | 107.65° | 70.39° | -52.53° | 82.83° | 123.03° | 16.52Å | 3.7 |
| 1zgl_VU | 105.45° | 74.32° | -54.76° | 81.33° | 124.17° | 16.62Å | 3.7 |
| 3mbe_HG | 106.17° | 75.59° | -53.78° | 80.04° | 122.03° | 15.91Å | 3.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 2.4 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 2.5 |
| 3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 3.5 |
| 5cd5_CD | 111.24° | 72.22° | -55.66° | 82.99° | 121.70° | 16.32Å | 4.2 |
| 1mlc_DC | 111.18° | 74.81° | -53.86° | 82.25° | 119.71° | 16.04Å | 4.5 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ41 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSDTVSYEQY | None | 11 |
| CDRB2 | YYEEEE | None | 6 |
| CDRB1 | QGHDT | None | 5 |
| CDRA3 | AVRTNSGYALN | None | 11 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.98° |
| BC1 | 74.31° |
| BA | -54.83° |
| AC2 | 84.86° |
| AC1 | 121.79° |
| dc | 15.62Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4jry_ED | 104.70° | 73.36° | -55.83° | 83.31° | 120.02° | 15.64Å | 2.7 |
| 7pdx_DC | 102.41° | 72.11° | -55.33° | 83.01° | 122.30° | 16.41Å | 4.0 |
| 7nmf_ED | 102.41° | 74.13° | -54.73° | 81.83° | 121.62° | 16.17Å | 4.0 |
| 1zgl_PM | 105.89° | 74.82° | -54.13° | 81.91° | 124.29° | 16.53Å | 4.2 |
| 1zgl_VU | 105.45° | 74.32° | -54.76° | 81.33° | 124.17° | 16.62Å | 4.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 4.7 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 5.4 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.7 |
| 3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 6.0 |
| 5cd5_CD | 111.24° | 72.22° | -55.66° | 82.99° | 121.70° | 16.32Å | 6.9 |