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Murine Class I Major Histocompatibility complex H-2Db in complex with Lcmv-Derived Gp33 and T Cell Receptor P14
Item | Info |
---|---|
PDB | 5tje |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.2Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | F |
VA chain | E |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ48 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | J |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | LYMPHOCYTIC CHORIOMENINGITIS VIRUS |
Antigen Sequence | KAVYNFATM |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-D1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | F | FASTA file |
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VA | E | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSDAGGRNTLY | None | 12 |
CDRB2 | SYVADS | None | 6 |
CDRB1 | NNHDY | None | 5 |
CDRA3 | AALYGNEKIT | None | 10 |
CDRA2 | ILSVSDK | None | 7 |
CDRA1 | DSTFNY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.54° |
BC1 | 73.15° |
BA | -71.52° |
AC2 | 69.90° |
AC1 | 125.46° |
dc | 16.62Å |
Docking angle | 46.06° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5til_LK | 106.68° | 73.40° | -71.92° | 69.72° | 124.78° | 16.55Å | 0.9 |
5til_HG | 106.74° | 73.94° | -69.42° | 71.24° | 126.30° | 16.57Å | 2.8 |
8trq_ED | 104.82° | 72.23° | -72.24° | 70.19° | 123.22° | 17.20Å | 3.1 |
7f5k_BA | 103.61° | 72.42° | -70.38° | 68.11° | 126.48° | 16.45Å | 3.8 |
3mff_DC | 107.65° | 72.18° | -68.09° | 72.85° | 125.91° | 16.72Å | 4.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 4.8 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 8.5 |
12e8_HL | 106.48° | 69.23° | -70.96° | 74.63° | 118.60° | 16.05Å | 9.2 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 9.4 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 9.6 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | H |
VA chain | G |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV14/TRAJ48 |
Species | mouse |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | I |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | LYMPHOCYTIC CHORIOMENINGITIS VIRUS |
Antigen Sequence | KAVYNFATM |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-D1b |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | H | FASTA file |
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VA | G | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSDAGGRNTLY | None | 12 |
CDRB2 | SYVADS | None | 6 |
CDRB1 | NNHDY | None | 5 |
CDRA3 | AALYGNEKIT | None | 10 |
CDRA2 | ILSVSDK | None | 7 |
CDRA1 | DSTFNY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.04° |
BC1 | 73.34° |
BA | -68.47° |
AC2 | 71.17° |
AC1 | 127.35° |
dc | 16.67Å |
Docking angle | 44.76° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5til_HG | 106.74° | 73.94° | -69.42° | 71.24° | 126.30° | 16.57Å | 1.6 |
3mff_DC | 107.65° | 72.18° | -68.09° | 72.85° | 125.91° | 16.72Å | 2.6 |
3mff_BA | 106.92° | 71.88° | -68.46° | 73.85° | 127.42° | 16.76Å | 3.1 |
5m02_HG | 104.84° | 73.41° | -67.56° | 72.98° | 126.46° | 16.68Å | 3.1 |
6g9q_HG | 105.83° | 72.82° | -66.70° | 73.31° | 126.81° | 16.80Å | 3.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 6.2 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 7.7 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 8.2 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 9.6 |