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Structure of the HLA-E-Vmaprtlvl/Gf4 TCR complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5w1w |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.1Å |
| Number of TCRs | 4 |
This PDB has 4 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV9/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV35/TRAJ53 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VMAPRTLVL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-E*0101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSANPGDSSNEKLF | None | 15 |
| CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
| CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
| CDRA3 | AGQPLGGSNYKLT | None | 13 |
| CDRA2 | LYKAGEL | None | 7 |
| CDRA1 | SIFNT | None | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.81° |
| BC1 | 71.13° |
| BA | -54.40° |
| AC2 | 77.86° |
| AC1 | 128.93° |
| dc | 16.65Å |
| Docking angle | 67.93° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5w1v_ON | 105.57° | 70.97° | -53.68° | 78.48° | 128.99° | 16.89Å | 1.0 |
| 5w1v_JI | 106.34° | 71.84° | -54.74° | 77.38° | 128.22° | 16.81Å | 1.3 |
| 5w1v_ED | 105.20° | 72.49° | -55.24° | 79.52° | 127.72° | 16.57Å | 2.7 |
| 3rgv_BA | 105.45° | 69.60° | -56.35° | 79.16° | 129.29° | 17.99Å | 3.1 |
| 6cuh_BA | 105.70° | 69.71° | -56.90° | 76.95° | 129.69° | 17.44Å | 3.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 7.9 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 8.0 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 8.4 |
| 2dtg_CD | 112.45° | 70.45° | -56.63° | 81.76° | 125.38° | 16.00Å | 8.8 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 8.8 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV9/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV35/TRAJ53 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VMAPRTLVL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-E*0101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSANPGDSSNEKLF | None | 15 |
| CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
| CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
| CDRA3 | AGQPLGGSNYKLT | None | 13 |
| CDRA2 | LYKAGEL | None | 7 |
| CDRA1 | SIFNT | None | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.10° |
| BC1 | 70.74° |
| BA | -54.96° |
| AC2 | 77.08° |
| AC1 | 128.55° |
| dc | 16.78Å |
| Docking angle | 69.31° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5w1v_JI | 106.34° | 71.84° | -54.74° | 77.38° | 128.22° | 16.81Å | 1.2 |
| 5w1v_ON | 105.57° | 70.97° | -53.68° | 78.48° | 128.99° | 16.89Å | 2.0 |
| 6cuh_BA | 105.70° | 69.71° | -56.90° | 76.95° | 129.69° | 17.44Å | 2.6 |
| 7rdv_DC | 108.60° | 69.62° | -54.80° | 77.31° | 126.89° | 16.99Å | 3.2 |
| 3rgv_BA | 105.45° | 69.60° | -56.35° | 79.16° | 129.29° | 17.99Å | 3.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 8.0 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 8.0 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 8.2 |
| 2dtg_CD | 112.45° | 70.45° | -56.63° | 81.76° | 125.38° | 16.00Å | 8.7 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.0 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | O |
| VA chain | N |
| VB IMGT details | TRBV9/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV35/TRAJ53 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | M |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VMAPRTLVL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | K | L |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-E*0101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | O | FASTA file |
|
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| VA | N | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSANPGDSSNEKLF | None | 15 |
| CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
| CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
| CDRA3 | AGQPLGGSNYKLT | None | 13 |
| CDRA2 | LYKAGEL | None | 7 |
| CDRA1 | SIFNT | None | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 107.00° |
| BC1 | 70.84° |
| BA | -56.72° |
| AC2 | 73.12° |
| AC1 | 128.77° |
| dc | 16.58Å |
| Docking angle | 62.01° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5w1v_TS | 107.45° | 71.42° | -56.95° | 73.48° | 128.04° | 16.54Å | 1.1 |
| 6dfw_FE | 107.30° | 70.29° | -58.74° | 73.73° | 127.12° | 17.20Å | 2.8 |
| 2p1y_Ee | 104.20° | 69.26° | -55.90° | 73.75° | 128.40° | 17.20Å | 3.5 |
| 2p1y_Gg | 104.08° | 69.35° | -55.78° | 73.93° | 128.57° | 17.19Å | 3.6 |
| 3tjh_DC | 106.75° | 68.71° | -59.08° | 75.44° | 127.99° | 17.46Å | 4.1 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 9.5 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 9.7 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | T |
| VA chain | S |
| VB IMGT details | TRBV9/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV35/TRAJ53 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | R |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VMAPRTLVL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | P | Q |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-E*0101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | T | FASTA file |
|
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| VA | S | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSANPGDSSNEKLF | None | 15 |
| CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
| CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
| CDRA3 | AGQPLGGSNYKLT | None | 13 |
| CDRA2 | LYKAGEL | None | 7 |
| CDRA1 | SIFNT | None | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.55° |
| BC1 | 70.76° |
| BA | -53.88° |
| AC2 | 77.65° |
| AC1 | 129.17° |
| dc | 16.68Å |
| Docking angle | 68.49° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5w1v_ON | 105.57° | 70.97° | -53.68° | 78.48° | 128.99° | 16.89Å | 0.9 |
| 5w1v_JI | 106.34° | 71.84° | -54.74° | 77.38° | 128.22° | 16.81Å | 1.9 |
| 5w1v_ED | 105.20° | 72.49° | -55.24° | 79.52° | 127.72° | 16.57Å | 3.3 |
| 3rgv_BA | 105.45° | 69.60° | -56.35° | 79.16° | 129.29° | 17.99Å | 3.4 |
| 6cuh_BA | 105.70° | 69.71° | -56.90° | 76.95° | 129.69° | 17.44Å | 3.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 8.2 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 8.4 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 9.0 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.2 |
| 2dtg_CD | 112.45° | 70.45° | -56.63° | 81.76° | 125.38° | 16.00Å | 9.3 |