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D30 TCR in complex with HLA-A*11:01-Gts1
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5wkf |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.95Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV11/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV30/TRAJ39 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | DENGUE VIRUS 1 |
| Antigen Sequence | GTSGSPIVNR |
| Antigen Length | 10 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLGQGLLYGYT | None | 13 |
| CDRB2 | FQNNGV | None | 6 |
| CDRB1 | SGHAT | None | 5 |
| CDRA3 | GLGDAGNMLT | None | 10 |
| CDRA2 | LLKGGEQ | None | 7 |
| CDRA1 | KALYS | None | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.05° |
| BC1 | 74.18° |
| BA | -55.82° |
| AC2 | 79.79° |
| AC1 | 123.90° |
| dc | 15.76Å |
| Docking angle | 39.59° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6vrn_ED | 105.26° | 74.47° | -56.51° | 79.15° | 123.98° | 16.25Å | 1.1 |
| 7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 1.3 |
| 7rtr_ED | 105.39° | 73.05° | -56.94° | 79.32° | 123.14° | 16.23Å | 1.9 |
| 1zgl_VU | 105.45° | 74.32° | -54.76° | 81.33° | 124.17° | 16.62Å | 2.1 |
| 5wkh_JI | 104.42° | 73.63° | -57.81° | 79.10° | 123.79° | 15.88Å | 2.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 5.0 |
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 5.9 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 6.1 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 7.1 |
| 3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 7.1 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV11/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV30/TRAJ39 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | DENGUE VIRUS 1 |
| Antigen Sequence | GTSGSPIVNR |
| Antigen Length | 10 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLGQGLLYGYT | None | 13 |
| CDRB2 | FQNNGV | None | 6 |
| CDRB1 | SGHAT | None | 5 |
| CDRA3 | GLGDAGNMLT | None | 10 |
| CDRA2 | LLKGGEQ | None | 7 |
| CDRA1 | KALYS | None | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.85° |
| BC1 | 73.91° |
| BA | -55.54° |
| AC2 | 78.85° |
| AC1 | 123.53° |
| dc | 15.85Å |
| Docking angle | 37.63° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6vrn_ED | 105.26° | 74.47° | -56.51° | 79.15° | 123.98° | 16.25Å | 1.4 |
| 7rtr_ED | 105.39° | 73.05° | -56.94° | 79.32° | 123.14° | 16.23Å | 1.9 |
| 7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 1.9 |
| 7qpj_BA | 105.05° | 71.98° | -56.60° | 79.00° | 123.72° | 16.44Å | 2.3 |
| 5wkh_JI | 104.42° | 73.63° | -57.81° | 79.10° | 123.79° | 15.88Å | 2.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 5.2 |
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.2 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 6.2 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 7.0 |
| 3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 7.3 |