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D30 TCR in complex with HLA-A*11:01-Gts1
Item | Info |
---|---|
PDB | 5wkf |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.95Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV11/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV30/TRAJ39 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | DENGUE VIRUS 1 |
Antigen Sequence | GTSGSPIVNR |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLGQGLLYGYT | None | 13 |
CDRB2 | FQNNGV | None | 6 |
CDRB1 | SGHAT | None | 5 |
CDRA3 | GLGDAGNMLT | None | 10 |
CDRA2 | LLKGGEQ | None | 7 |
CDRA1 | KALYS | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.05° |
BC1 | 74.18° |
BA | -55.82° |
AC2 | 79.79° |
AC1 | 123.90° |
dc | 15.76Å |
Docking angle | 39.59° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6vrn_ED | 105.26° | 74.47° | -56.51° | 79.15° | 123.98° | 16.25Å | 1.1 |
7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 1.3 |
7rtr_ED | 105.39° | 73.05° | -56.94° | 79.32° | 123.14° | 16.23Å | 1.9 |
1zgl_VU | 105.45° | 74.32° | -54.76° | 81.33° | 124.17° | 16.62Å | 2.1 |
5wkh_JI | 104.42° | 73.63° | -57.81° | 79.10° | 123.79° | 15.88Å | 2.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 5.0 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 5.9 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 6.1 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 7.1 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 7.1 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV11/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV30/TRAJ39 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | DENGUE VIRUS 1 |
Antigen Sequence | GTSGSPIVNR |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLGQGLLYGYT | None | 13 |
CDRB2 | FQNNGV | None | 6 |
CDRB1 | SGHAT | None | 5 |
CDRA3 | GLGDAGNMLT | None | 10 |
CDRA2 | LLKGGEQ | None | 7 |
CDRA1 | KALYS | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.85° |
BC1 | 73.91° |
BA | -55.54° |
AC2 | 78.85° |
AC1 | 123.53° |
dc | 15.85Å |
Docking angle | 37.63° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6vrn_ED | 105.26° | 74.47° | -56.51° | 79.15° | 123.98° | 16.25Å | 1.4 |
7rtr_ED | 105.39° | 73.05° | -56.94° | 79.32° | 123.14° | 16.23Å | 1.9 |
7n1f_ED | 104.75° | 73.39° | -56.54° | 80.18° | 124.07° | 16.16Å | 1.9 |
7qpj_BA | 105.05° | 71.98° | -56.60° | 79.00° | 123.72° | 16.44Å | 2.3 |
5wkh_JI | 104.42° | 73.63° | -57.81° | 79.10° | 123.79° | 15.88Å | 2.4 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 5.2 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.2 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 6.2 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 7.0 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 7.3 |