Detailed entry information.
Click on any of the tabs below to see the detailed information about the structure.
Crystal Structure of Pg90 TCR-CD1B-Pg complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 5wki |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.75Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV26/TRAJ13 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | D |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | (19S,22R,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9E)-octadec-9-enoate |
Antigen residue | D3D |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | CD1B*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
VB | E | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSLARAQGASNTGELF | None | 17 |
CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
CDRA3 | IVRVAYRQKVT | None | 11 |
CDRA2 | GLKNN | None | 5 |
CDRA1 | TISGNEY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.92° |
BC1 | 71.26° |
BA | -58.68° |
AC2 | 85.56° |
AC1 | 129.52° |
dc | 17.34Å |
Docking angle | 69.35° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7su9_ED | 106.07° | 73.06° | -58.87° | 84.52° | 128.92° | 16.85Å | 2.2 |
6uln_ED | 105.42° | 73.24° | -58.64° | 84.32° | 129.08° | 16.84Å | 2.5 |
6ulr_ED | 105.96° | 73.47° | -58.86° | 84.49° | 128.86° | 16.82Å | 2.6 |
7n5c_ED | 105.57° | 71.00° | -59.85° | 87.94° | 130.75° | 17.78Å | 3.0 |
5wjo_BA | 103.73° | 72.38° | -59.28° | 86.74° | 131.09° | 17.19Å | 3.2 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 7.8 |
4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 8.1 |
2w60_AB | 111.29° | 72.16° | -56.81° | 86.34° | 123.74° | 16.34Å | 8.3 |
4np4_HL | 112.73° | 69.78° | -56.49° | 85.25° | 124.71° | 16.41Å | 8.8 |
3rpi_AB | 111.40° | 72.07° | -59.66° | 84.25° | 122.88° | 16.71Å | 8.8 |