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Crystal Structure of Pg90 TCR-CD1B-Pg complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 5wki |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.75Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV26/TRAJ13 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | D |
| Antigen Type | Hapten |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen name | (19S,22R,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9E)-octadec-9-enoate |
| Antigen residue | D3D |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | CD1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | CD1B*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLARAQGASNTGELF | None | 17 |
| CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
| CDRB1 | SGHVS | None | 5 |
| CDRA3 | IVRVAYRQKVT | None | 11 |
| CDRA2 | GLKNN | None | 5 |
| CDRA1 | TISGNEY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.92° |
| BC1 | 71.26° |
| BA | -58.68° |
| AC2 | 85.56° |
| AC1 | 129.52° |
| dc | 17.34Å |
| Docking angle | 69.35° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7su9_ED | 106.07° | 73.06° | -58.87° | 84.52° | 128.92° | 16.85Å | 2.2 |
| 6uln_ED | 105.42° | 73.24° | -58.64° | 84.32° | 129.08° | 16.84Å | 2.5 |
| 6ulr_ED | 105.96° | 73.47° | -58.86° | 84.49° | 128.86° | 16.82Å | 2.6 |
| 7n5c_ED | 105.57° | 71.00° | -59.85° | 87.94° | 130.75° | 17.78Å | 3.0 |
| 5wjo_BA | 103.73° | 72.38° | -59.28° | 86.74° | 131.09° | 17.19Å | 3.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 7.8 |
| 4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 8.1 |
| 2w60_AB | 111.29° | 72.16° | -56.81° | 86.34° | 123.74° | 16.34Å | 8.3 |
| 4np4_HL | 112.73° | 69.78° | -56.49° | 85.25° | 124.71° | 16.41Å | 8.8 |
| 3rpi_AB | 111.40° | 72.07° | -59.66° | 84.25° | 122.88° | 16.71Å | 8.8 |