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an affinity Enhanced T Cell Receptor in complex with HLA-A0201 Restricted Hcv Ns3 Peptide Klvalginav
Item | Info |
---|---|
PDB | 5yxu |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.7Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV25/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV38/TRAJ30 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | I |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HEPATITIS C VIRUS |
Antigen Sequence | KLVALGINAV |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASRRGSAELY | None | 10 |
CDRB2 | SYGVNS | None | 6 |
CDRB1 | MGHDK | None | 5 |
CDRA3 | AYGEDDKII | None | 9 |
CDRA2 | QEAYKQQN | None | 8 |
CDRA1 | TSENDYI | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.19° |
BC1 | 70.02° |
BA | -55.97° |
AC2 | 81.28° |
AC1 | 127.13° |
dc | 16.34Å |
Docking angle | 31.71° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6rpb_TS | 103.90° | 70.20° | -55.75° | 81.00° | 125.38° | 17.10Å | 2.1 |
6rpb_JI | 102.60° | 70.52° | -55.86° | 80.51° | 125.33° | 17.05Å | 2.2 |
5jzi_JI | 103.64° | 71.67° | -57.46° | 81.83° | 125.91° | 16.54Å | 2.6 |
5jzi_ED | 102.19° | 72.02° | -56.92° | 81.33° | 126.33° | 16.63Å | 2.6 |
5iw1_BA | 104.32° | 70.27° | -57.91° | 80.58° | 126.27° | 17.21Å | 2.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.6 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 8.0 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 8.1 |
4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 8.1 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.8 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | G |
VA chain | F |
VB IMGT details | TRBV25/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV38/TRAJ30 |
Species | human |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | G | FASTA file |
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VA | F | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASRRGSAELY | None | 10 |
CDRB2 | SYGVNS | None | 6 |
CDRB1 | MGHDK | None | 5 |
CDRA3 | AYGEDDKII | None | 9 |
CDRA2 | QEAYKQQN | None | 8 |
CDRA1 | TSENDYI | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.74° |
BC1 | 70.63° |
BA | -55.17° |
AC2 | 80.81° |
AC1 | 126.54° |
dc | 16.23Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6rpb_TS | 103.90° | 70.20° | -55.75° | 81.00° | 125.38° | 17.10Å | 1.6 |
6rpb_JI | 102.60° | 70.52° | -55.86° | 80.51° | 125.33° | 17.05Å | 2.0 |
7n6e_JI | 103.86° | 72.36° | -56.32° | 81.13° | 124.97° | 16.31Å | 2.6 |
6rpb_ED | 102.54° | 70.25° | -55.94° | 79.68° | 124.75° | 16.99Å | 2.7 |
6rpb_ON | 103.91° | 70.36° | -56.96° | 80.73° | 124.65° | 17.02Å | 2.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.7 |
3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 7.1 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 7.1 |
4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 7.7 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 7.9 |