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Crystal Structure of Dmf5 TCR Bound to HLA-A2 Presenting Synthetic Peptide Mmwdrglgmm
Item | Info |
---|---|
PDB | 6amu |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.151Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ23 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | MMWDRGLGMM |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0275 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSLSFGTEAF | None | 11 |
CDRB2 | SNTAGT | None | 6 |
CDRB1 | MRHNA | None | 5 |
CDRA3 | AVNFGGGKLI | A3-10-E | 10 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.30° |
BC1 | 68.73° |
BA | -54.79° |
AC2 | 79.13° |
AC1 | 122.23° |
dc | 16.29Å |
Docking angle | 36.97° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6am5_ED | 105.95° | 69.43° | -54.24° | 78.09° | 121.92° | 16.27Å | 1.5 |
3qdg_ED | 105.95° | 69.72° | -55.67° | 78.72° | 121.20° | 16.13Å | 1.9 |
7pdw_BA | 105.93° | 70.35° | -55.27° | 79.94° | 122.76° | 16.58Å | 2.1 |
4l3e_ED | 105.62° | 70.06° | -53.59° | 79.99° | 121.11° | 16.22Å | 2.3 |
7q9b_ED | 106.42° | 70.13° | -55.86° | 77.50° | 122.50° | 16.18Å | 2.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 4.2 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 5.0 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.2 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 6.1 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 6.1 |