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Crystal Structure of the Kfj5 TCR-Ny-Eso-1-HLA-B*07:02 complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 6avf |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.028Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV28/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV4/TRAJ21 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | APRGPHGGAASGL |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | H | M |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*0702 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSQRQEGDTQY | None | 12 |
CDRB2 | SYDVKM | None | 6 |
CDRB1 | MDHEN | None | 5 |
CDRA3 | LVGEILDNFNKFY | None | 13 |
CDRA2 | GYKTK | None | 5 |
CDRA1 | NIATNDY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.11° |
BC1 | 69.32° |
BA | -63.24° |
AC2 | 81.79° |
AC1 | 130.55° |
dc | 17.51Å |
Docking angle | 40.56° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3tpu_DC | 105.89° | 70.23° | -62.13° | 79.88° | 129.22° | 17.56Å | 3.0 |
3tpu_NM | 106.04° | 70.98° | -62.06° | 80.38° | 128.83° | 17.57Å | 3.2 |
3tpu_HG | 104.60° | 69.86° | -61.37° | 80.13° | 129.21° | 17.65Å | 3.8 |
3tpu_BA | 104.73° | 70.40° | -61.30° | 80.06° | 128.52° | 17.68Å | 4.2 |
3tf7_Gg | 109.58° | 71.38° | -62.20° | 80.68° | 127.04° | 16.81Å | 5.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 8.4 |
4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 9.0 |
4zxb_CD | 111.97° | 68.75° | -59.36° | 81.84° | 123.87° | 16.46Å | 9.2 |
4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 9.5 |
2w65_CD | 112.47° | 72.16° | -61.11° | 84.03° | 123.78° | 16.59Å | 9.6 |