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Crystal Structure of the Kfj37 TCR-Ny-Eso-1-HLA-B*07:02 complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 6avg |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.6Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV9/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV4/TRAJ8 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | P |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | APRGPHGGAASGL |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | G | H |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*0702 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSGGHTGSNEQF | None | 13 |
CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
CDRA3 | LVVDQKLV | None | 8 |
CDRA2 | GYKTK | None | 5 |
CDRA1 | NIATNDY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 111.12° |
BC1 | 74.76° |
BA | -63.24° |
AC2 | 87.80° |
AC1 | 129.13° |
dc | 17.03Å |
Docking angle | 38.38° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3dxa_ED | 112.24° | 72.38° | -62.37° | 87.77° | 130.29° | 18.02Å | 3.2 |
3dxa_ON | 112.06° | 72.11° | -62.92° | 87.81° | 130.26° | 18.12Å | 3.2 |
1mi5_ED | 109.30° | 72.73° | -63.43° | 87.70° | 131.17° | 17.09Å | 3.4 |
4gg6_HG | 110.99° | 73.29° | -63.02° | 90.06° | 131.30° | 16.97Å | 3.5 |
4gg6_FE | 111.17° | 73.07° | -62.86° | 89.77° | 131.55° | 16.94Å | 3.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4xvs_HL | 115.53° | 75.40° | -59.24° | 84.30° | 126.77° | 16.08Å | 7.4 |
4s1q_HL | 115.45° | 75.99° | -60.47° | 82.99° | 127.28° | 15.31Å | 7.6 |
4ydv_BA | 114.33° | 72.59° | -62.69° | 84.07° | 123.51° | 16.29Å | 7.8 |
2w65_AB | 112.61° | 73.10° | -59.37° | 85.00° | 123.28° | 16.61Å | 7.9 |
4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 8.3 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | B |
VB IMGT details | TRBV9/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV4/TRAJ8 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | Q |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | APRGPHGGAASGL |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | A |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*0702 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | B | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSGGHTGSNEQF | None | 13 |
CDRB2 | YYNGEE | None | 6 |
CDRB1 | SGDLS | None | 5 |
CDRA3 | LVVDQKLV | None | 8 |
CDRA2 | GYKTK | None | 5 |
CDRA1 | NIATNDY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 110.19° |
BC1 | 75.14° |
BA | -63.26° |
AC2 | 87.61° |
AC1 | 129.09° |
dc | 16.95Å |
Docking angle | 38.30° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1mi5_ED | 109.30° | 72.73° | -63.43° | 87.70° | 131.17° | 17.09Å | 3.3 |
1kgc_ED | 109.35° | 71.85° | -63.15° | 86.71° | 130.57° | 17.26Å | 3.8 |
3dxa_ED | 112.24° | 72.38° | -62.37° | 87.77° | 130.29° | 18.02Å | 3.9 |
3dxa_ON | 112.06° | 72.11° | -62.92° | 87.81° | 130.26° | 18.12Å | 3.9 |
4gg6_HG | 110.99° | 73.29° | -63.02° | 90.06° | 131.30° | 16.97Å | 3.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4xvs_HL | 115.53° | 75.40° | -59.24° | 84.30° | 126.77° | 16.08Å | 7.9 |
4s1q_HL | 115.45° | 75.99° | -60.47° | 82.99° | 127.28° | 15.31Å | 8.0 |
2w65_AB | 112.61° | 73.10° | -59.37° | 85.00° | 123.28° | 16.61Å | 8.1 |
4ydv_BA | 114.33° | 72.59° | -62.69° | 84.07° | 123.51° | 16.29Å | 8.3 |
3u7w_HL | 113.46° | 76.72° | -63.02° | 80.79° | 126.51° | 15.15Å | 8.3 |