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2B4 I-Ek TCR-MHC complex with affinity-Enhancing Velcro Peptide
Item | Info |
---|---|
PDB | 6bga |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.307Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV26/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV4/TRAJ56 |
Species | mouse |
Item | Info |
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Antigen Chain | E |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | YVVVPDGTGGGSGSG |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | mouse |
MHC IMGT details | H2-EA / H2-EB1k |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSLNWSQDTQY | None | 12 |
CDRB2 | FQNQEV | None | 6 |
CDRB1 | KGHPV | None | 5 |
CDRA3 | AALRATGGNNKLT | None | 13 |
CDRA2 | LASGT | None | 5 |
CDRA1 | TTMRA | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 97.05° |
BC1 | 72.68° |
BA | -63.59° |
AC2 | 79.78° |
AC1 | 120.33° |
dc | 15.68Å |
Docking angle | 36.30° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4p2o_DC | 97.65° | 73.22° | -63.70° | 79.93° | 120.65° | 15.65Å | 0.9 |
7t2d_ON | 98.58° | 72.77° | -62.78° | 79.21° | 121.28° | 15.79Å | 2.1 |
7t2d_TS | 98.57° | 72.81° | -63.12° | 78.80° | 121.48° | 15.70Å | 2.2 |
7t2d_JI | 98.51° | 72.33° | -62.82° | 78.01° | 120.61° | 15.98Å | 2.5 |
3qjh_DC | 95.16° | 71.23° | -62.76° | 80.66° | 120.31° | 16.37Å | 2.8 |