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Ternary Crystal Structure of the 3C8 TCR-CD1C-Monoacylglycerol complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6c09 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.95Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV29/TRAJ30 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | A |
| Antigen Type | Hapten |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen name | DECANE |
| Antigen residue | D10 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | CD1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | CD1C*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSSYRGPRMNEQF | None | 14 |
| CDRB2 | FQGNSA | None | 6 |
| CDRB1 | SGHTA | None | 5 |
| CDRA3 | AASVGDKII | None | 9 |
| CDRA2 | ISSIKDK | None | 7 |
| CDRA1 | NSMFDY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.72° |
| BC1 | 69.41° |
| BA | -59.07° |
| AC2 | 75.75° |
| AC1 | 126.51° |
| dc | 16.63Å |
| Docking angle | 40.35° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2p1y_Ac | 103.78° | 71.14° | -59.22° | 76.19° | 126.48° | 17.18Å | 2.1 |
| 2p1y_Ca | 103.29° | 71.37° | -59.08° | 76.12° | 126.47° | 17.20Å | 2.5 |
| 5isz_ED | 103.79° | 67.87° | -58.06° | 77.25° | 126.90° | 17.65Å | 2.8 |
| 3tjh_DC | 106.75° | 68.71° | -59.08° | 75.44° | 127.99° | 17.46Å | 2.8 |
| 6vtc_BA | 104.26° | 70.42° | -59.69° | 74.76° | 124.13° | 17.34Å | 3.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 8.6 |
| 4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 9.1 |
| 2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 9.3 |
| 1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 9.4 |
| 3w14_CD | 112.00° | 71.35° | -60.33° | 80.91° | 123.65° | 16.11Å | 9.7 |