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Ternary Crystal Structure of the 3C8 TCR-CD1C-Monoacylglycerol complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 6c09 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.95Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV29/TRAJ30 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | A |
Antigen Type | Hapten |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen name | DECANE |
Antigen residue | D10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | CD1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | CD1C*01 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
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VA | C | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSSYRGPRMNEQF | None | 14 |
CDRB2 | FQGNSA | None | 6 |
CDRB1 | SGHTA | None | 5 |
CDRA3 | AASVGDKII | None | 9 |
CDRA2 | ISSIKDK | None | 7 |
CDRA1 | NSMFDY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 104.72° |
BC1 | 69.41° |
BA | -59.07° |
AC2 | 75.75° |
AC1 | 126.51° |
dc | 16.63Å |
Docking angle | 40.35° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2p1y_Ac | 103.78° | 71.14° | -59.22° | 76.19° | 126.48° | 17.18Å | 2.1 |
2p1y_Ca | 103.29° | 71.37° | -59.08° | 76.12° | 126.47° | 17.20Å | 2.5 |
5isz_ED | 103.79° | 67.87° | -58.06° | 77.25° | 126.90° | 17.65Å | 2.8 |
3tjh_DC | 106.75° | 68.71° | -59.08° | 75.44° | 127.99° | 17.46Å | 2.8 |
6vtc_BA | 104.26° | 70.42° | -59.69° | 74.76° | 124.13° | 17.34Å | 3.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 8.6 |
4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 9.1 |
2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 9.3 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 9.4 |
3w14_CD | 112.00° | 71.35° | -60.33° | 80.91° | 123.65° | 16.11Å | 9.7 |