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Crystal Structure of F24 TCR -Dr11-Rq13 Peptide complex
Item | Info |
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PDB | 6cql |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.4Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV2/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV24/TRAJ17 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HIV-1 M |
Antigen Sequence | RFYKTLRAEQASQ |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*1101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSRLAGGMDEQF | None | 13 |
CDRB2 | FYNNEI | None | 6 |
CDRB1 | SNHLY | None | 5 |
CDRA3 | AFKAAGNKLT | A3-10-D | 10 |
CDRA2 | MTLNGDE | None | 7 |
CDRA1 | SSNFYA | A1-6-E | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 104.19° |
BC1 | 73.11° |
BA | -65.98° |
AC2 | 77.00° |
AC1 | 120.74° |
dc | 15.97Å |
Docking angle | 33.46° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6cqq_ED | 103.95° | 73.31° | -66.36° | 76.21° | 120.82° | 15.91Å | 0.9 |
6cqq_JI | 103.99° | 72.99° | -66.58° | 76.49° | 121.31° | 15.89Å | 1.0 |
4ei6_BA | 106.30° | 73.06° | -66.76° | 77.49° | 121.19° | 16.33Å | 2.4 |
6cqn_ED | 103.61° | 72.65° | -67.65° | 75.37° | 120.90° | 16.00Å | 2.5 |
4lcw_ED | 103.83° | 73.72° | -64.96° | 78.06° | 122.76° | 16.45Å | 2.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 4.0 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 4.9 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 6.7 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 6.7 |
4uim_CD | 109.21° | 71.18° | -68.12° | 75.36° | 117.53° | 16.19Å | 6.8 |