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Crystal Structure of F5 TCR -Dr11-Rq13 Peptide complex
Item | Info |
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PDB | 6cqn |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.5Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV2/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV24/TRAJ17 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HIV-1 M |
Antigen Sequence | RFYKTLRAEQASQ |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*1101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSGLAGGMDEQF | None | 13 |
CDRB2 | FYNNEI | None | 6 |
CDRB1 | SNHLY | None | 5 |
CDRA3 | AFKAAGNKLT | A3-10-D | 10 |
CDRA2 | MTLNGDE | None | 7 |
CDRA1 | SSNFYA | A1-6-E | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 103.61° |
BC1 | 72.65° |
BA | -67.65° |
AC2 | 75.37° |
AC1 | 120.90° |
dc | 16.00Å |
Docking angle | 32.80° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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6cqq_ED | 103.95° | 73.31° | -66.36° | 76.21° | 120.82° | 15.91Å | 1.7 |
6cqq_JI | 103.99° | 72.99° | -66.58° | 76.49° | 121.31° | 15.89Å | 1.7 |
6cqr_ED | 102.63° | 72.40° | -68.09° | 74.17° | 120.23° | 15.99Å | 1.8 |
6cql_ED | 104.19° | 73.11° | -65.98° | 77.00° | 120.74° | 15.97Å | 2.5 |
6v18_ED | 105.35° | 73.95° | -67.76° | 74.67° | 119.14° | 16.34Å | 2.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 3.7 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 5.1 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 5.6 |
12e8_HL | 106.48° | 69.23° | -70.96° | 74.63° | 118.60° | 16.05Å | 6.1 |
4uim_CD | 109.21° | 71.18° | -68.12° | 75.36° | 117.53° | 16.19Å | 6.7 |