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Crystal Structure of F5 TCR -Dr11-Rq13 Peptide complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6cqn |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.5Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV2/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV24/TRAJ17 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HIV-1 M |
| Antigen Sequence | RFYKTLRAEQASQ |
| Antigen Length | 13 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSGLAGGMDEQF | None | 13 |
| CDRB2 | FYNNEI | None | 6 |
| CDRB1 | SNHLY | None | 5 |
| CDRA3 | AFKAAGNKLT | A3-10-D | 10 |
| CDRA2 | MTLNGDE | None | 7 |
| CDRA1 | SSNFYA | A1-6-E | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.61° |
| BC1 | 72.65° |
| BA | -67.65° |
| AC2 | 75.37° |
| AC1 | 120.90° |
| dc | 16.00Å |
| Docking angle | 32.80° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6cqq_ED | 103.95° | 73.31° | -66.36° | 76.21° | 120.82° | 15.91Å | 1.7 |
| 6cqq_JI | 103.99° | 72.99° | -66.58° | 76.49° | 121.31° | 15.89Å | 1.7 |
| 6cqr_ED | 102.63° | 72.40° | -68.09° | 74.17° | 120.23° | 15.99Å | 1.8 |
| 6cql_ED | 104.19° | 73.11° | -65.98° | 77.00° | 120.74° | 15.97Å | 2.5 |
| 6v18_ED | 105.35° | 73.95° | -67.76° | 74.67° | 119.14° | 16.34Å | 2.9 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 3.7 |
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 5.1 |
| 1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 5.6 |
| 12e8_HL | 106.48° | 69.23° | -70.96° | 74.63° | 118.60° | 16.05Å | 6.1 |
| 4uim_CD | 109.21° | 71.18° | -68.12° | 75.36° | 117.53° | 16.19Å | 6.7 |