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Crystal Structure of F24 TCR -Dr1-Rq13 Peptide complex
Item | Info |
---|---|
PDB | 6cqr |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.04Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV2/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV24/TRAJ17 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HIV-1 M |
Antigen Sequence | RFYKTLRAEQASQ |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSRLAGGMDEQF | None | 13 |
CDRB2 | FYNNEI | None | 6 |
CDRB1 | SNHLY | None | 5 |
CDRA3 | AFKAAGNKLT | A3-10-D | 10 |
CDRA2 | MTLNGDE | None | 7 |
CDRA1 | SSNFYA | A1-6-E | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 102.63° |
BC1 | 72.40° |
BA | -68.09° |
AC2 | 74.17° |
AC1 | 120.23° |
dc | 15.99Å |
Docking angle | 30.61° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6cqn_ED | 103.61° | 72.65° | -67.65° | 75.37° | 120.90° | 16.00Å | 1.8 |
5d7l_HG | 100.58° | 73.05° | -69.45° | 73.19° | 120.48° | 16.93Å | 2.9 |
6cqq_ED | 103.95° | 73.31° | -66.36° | 76.21° | 120.82° | 15.91Å | 3.2 |
5d7l_ED | 101.37° | 72.18° | -70.30° | 75.68° | 121.34° | 16.81Å | 3.3 |
6cqq_JI | 103.99° | 72.99° | -66.58° | 76.49° | 121.31° | 15.89Å | 3.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 4.7 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 5.8 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 5.8 |
12e8_HL | 106.48° | 69.23° | -70.96° | 74.63° | 118.60° | 16.05Å | 6.0 |
4uim_CD | 109.21° | 71.18° | -68.12° | 75.36° | 117.53° | 16.19Å | 7.3 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV2/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV24/TRAJ17 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HIV-1 M |
Antigen Sequence | RFYKTLRAEQASQ |
Antigen Length | 13 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0101 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSRLAGGMDEQF | None | 13 |
CDRB2 | FYNNEI | None | 6 |
CDRB1 | SNHLY | None | 5 |
CDRA3 | AFKAAGNKLT | A3-10-D | 10 |
CDRA2 | MTLNGDE | None | 7 |
CDRA1 | SSNFYA | A1-6-E | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.77° |
BC1 | 72.60° |
BA | -69.24° |
AC2 | 73.97° |
AC1 | 118.89° |
dc | 16.17Å |
Docking angle | 31.33° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6v18_ED | 105.35° | 73.95° | -67.76° | 74.67° | 119.14° | 16.34Å | 2.7 |
6cqn_ED | 103.61° | 72.65° | -67.65° | 75.37° | 120.90° | 16.00Å | 2.9 |
6v0y_ED | 104.44° | 74.25° | -66.45° | 75.16° | 118.10° | 16.73Å | 3.6 |
7jwi_ED | 102.83° | 72.70° | -70.72° | 73.61° | 121.98° | 16.76Å | 3.6 |
5d7l_HG | 100.58° | 73.05° | -69.45° | 73.19° | 120.48° | 16.93Å | 3.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 4.2 |
12e8_HL | 106.48° | 69.23° | -70.96° | 74.63° | 118.60° | 16.05Å | 4.7 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 5.1 |
4uim_CD | 109.21° | 71.18° | -68.12° | 75.36° | 117.53° | 16.19Å | 6.1 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.2 |