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Crystal Structure of Bc8B TCR-CD1B-Pc complex
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6cug |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.4Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV9/TRAJ13 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | A | D |
| Antigen Type | Unknown |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen name | TETRACOSYL OCTADECANOATE; (2S)-3-(HEXADECANOYLOXY)-2-[(9Z)-OCTADEC-9-ENOYLOXY]PROPYL 2-(TRIMETHYLAMMONIO)ETHYL PHOSPHATE |
| Antigen residue | CUY | POV |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | NA |
| MHC Type | CD1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | CD1B*01 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSMPGLRSSYEQY | None | 14 |
| CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | ALTPSGGYQKVT | None | 12 |
| CDRA2 | ATKADDK | None | 7 |
| CDRA1 | ATGYPS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.61° |
| BC1 | 69.35° |
| BA | -58.93° |
| AC2 | 78.38° |
| AC1 | 129.60° |
| dc | 17.66Å |
| Docking angle | 86.82° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6cuh_BA | 105.70° | 69.71° | -56.90° | 76.95° | 129.69° | 17.44Å | 2.5 |
| 3rgv_BA | 105.45° | 69.60° | -56.35° | 79.16° | 129.29° | 17.99Å | 2.7 |
| 3tpu_HG | 104.60° | 69.86° | -61.37° | 80.13° | 129.21° | 17.65Å | 3.2 |
| 3tpu_BA | 104.73° | 70.40° | -61.30° | 80.06° | 128.52° | 17.68Å | 3.4 |
| 3tjh_DC | 106.75° | 68.71° | -59.08° | 75.44° | 127.99° | 17.46Å | 3.6 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2rcs_HL | 112.26° | 67.90° | -60.45° | 80.52° | 124.97° | 16.31Å | 8.7 |
| 4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 8.9 |
| 2dtg_CD | 112.45° | 70.45° | -56.63° | 81.76° | 125.38° | 16.00Å | 9.2 |
| 4zxb_CD | 111.97° | 68.75° | -59.36° | 81.84° | 123.87° | 16.46Å | 9.3 |
| 3w14_CD | 112.00° | 71.35° | -60.33° | 80.91° | 123.65° | 16.11Å | 9.5 |