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the complex Between High-affinity TCR Dmf5(alpha-D26Y,Beta-L98W) and Human Class I MHC HLA-A2 with the Bound Mart-1(27-35)Peptide
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6d78 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.347Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ23 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | AAGIGILTV |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSWSFGTEAF | None | 11 |
| CDRB2 | SNTAGT | None | 6 |
| CDRB1 | MRHNA | None | 5 |
| CDRA3 | AVNFGGGKLI | A3-10-E | 10 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | YRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 106.84° |
| BC1 | 69.27° |
| BA | -58.19° |
| AC2 | 76.84° |
| AC1 | 120.60° |
| dc | 16.00Å |
| Docking angle | 32.74° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3qdj_ED | 105.56° | 69.36° | -56.86° | 77.81° | 120.75° | 16.13Å | 2.1 |
| 7q9b_JI | 107.10° | 69.26° | -60.23° | 75.99° | 121.02° | 16.22Å | 2.3 |
| 7q9b_ED | 106.42° | 70.13° | -55.86° | 77.50° | 122.50° | 16.18Å | 3.2 |
| 3qeu_BA | 106.82° | 71.63° | -59.08° | 77.04° | 122.60° | 16.48Å | 3.3 |
| 3qdg_ED | 105.95° | 69.72° | -55.67° | 78.72° | 121.20° | 16.13Å | 3.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 4.8 |
| 5kte_HL | 112.24° | 69.79° | -60.09° | 77.74° | 119.92° | 16.52Å | 5.9 |
| 2vc2_HL | 111.01° | 68.77° | -60.61° | 81.12° | 119.92° | 15.81Å | 6.5 |
| 3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 6.5 |
| 5t5n_GF | 112.07° | 71.28° | -59.26° | 79.89° | 119.92° | 16.40Å | 6.5 |