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Mouse Diabetogenic TCR 8F10
Item | Info |
---|---|
PDB | 6dfv |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 1.71Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV5/TRAJ53 |
Species | mouse |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASGGLGGDEQY | None | 11 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AASRRGSGGSNYKLT | None | 15 |
CDRA2 | IRSNMER | None | 7 |
CDRA1 | DSASNY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.57° |
BC1 | 72.04° |
BA | -60.73° |
AC2 | 73.52° |
AC1 | 127.09° |
dc | 16.69Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2xn9_BA | 105.51° | 72.32° | -61.82° | 74.17° | 124.46° | 16.45Å | 2.9 |
6dfw_HG | 107.05° | 70.11° | -60.64° | 72.85° | 125.63° | 17.16Å | 3.0 |
6dfw_FE | 107.30° | 70.29° | -58.74° | 73.73° | 127.12° | 17.20Å | 3.2 |
6c68_BA | 104.25° | 73.60° | -59.06° | 74.52° | 125.37° | 16.75Å | 3.3 |
2p1y_Ac | 103.78° | 71.14° | -59.22° | 76.19° | 126.48° | 17.18Å | 3.7 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.4 |
4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 8.7 |
4x4y_CD | 112.91° | 73.65° | -61.15° | 79.25° | 124.76° | 15.70Å | 9.8 |
1fbi_HL | 112.37° | 73.75° | -62.94° | 78.72° | 123.13° | 15.53Å | 9.9 |
1n4x_HL | 110.31° | 76.00° | -65.51° | 77.43° | 122.43° | 15.84Å | 9.9 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV5/TRAJ53 |
Species | mouse |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
|
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGGLGGDEQY | None | 11 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AASRRGSGGSNYKLT | None | 15 |
CDRA2 | IRSNMER | None | 7 |
CDRA1 | DSASNY | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.55° |
BC1 | 72.57° |
BA | -61.59° |
AC2 | 73.16° |
AC1 | 127.23° |
dc | 16.47Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2xn9_BA | 105.51° | 72.32° | -61.82° | 74.17° | 124.46° | 16.45Å | 3.1 |
6dfw_HG | 107.05° | 70.11° | -60.64° | 72.85° | 125.63° | 17.16Å | 3.2 |
1u3h_FE | 107.39° | 72.28° | -61.98° | 75.12° | 124.59° | 16.64Å | 3.4 |
3c5z_BA | 105.83° | 72.54° | -63.41° | 72.83° | 123.96° | 16.50Å | 3.8 |
6dfw_FE | 107.30° | 70.29° | -58.74° | 73.73° | 127.12° | 17.20Å | 3.8 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 7.1 |
4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 8.2 |
1n4x_HL | 110.31° | 76.00° | -65.51° | 77.43° | 122.43° | 15.84Å | 9.1 |
4x4y_CD | 112.91° | 73.65° | -61.15° | 79.25° | 124.76° | 15.70Å | 9.3 |
1fbi_QP | 113.29° | 73.42° | -61.95° | 78.25° | 123.04° | 15.83Å | 9.5 |