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Crystal Structure of Em2 TCR in complex with HLA-B*37:01-Np338
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6mtm |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV19/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV30/TRAJ13 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | UNIDENTIFIED INFLUENZA VIRUS |
| Antigen Sequence | FEDLRVLSF |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-B*3701 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSMSAMGTEAF | None | 12 |
| CDRB2 | SQIVND | None | 6 |
| CDRB1 | LNHDA | None | 5 |
| CDRA3 | GTERSGGYQKVT | None | 12 |
| CDRA2 | LLKGGEQ | None | 7 |
| CDRA1 | KALYS | None | 5 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.55° |
| BC1 | 66.89° |
| BA | -53.84° |
| AC2 | 76.88° |
| AC1 | 125.84° |
| dc | 16.36Å |
| Docking angle | 50.17° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2ial_DC | 105.06° | 67.49° | -56.65° | 76.31° | 125.24° | 16.47Å | 3.4 |
| 2xna_BA | 99.93° | 68.06° | -54.18° | 77.97° | 125.53° | 17.01Å | 4.0 |
| 2ial_BA | 104.51° | 67.15° | -56.72° | 80.26° | 124.94° | 16.49Å | 4.6 |
| 5isz_ED | 103.79° | 67.87° | -58.06° | 77.25° | 126.90° | 17.65Å | 4.7 |
| 4zdh_BA | 102.75° | 70.60° | -53.65° | 74.27° | 126.61° | 16.51Å | 4.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 8.6 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 8.9 |
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.2 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.3 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.8 |