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alpha-Beta TCR Binding to Neoantigen Kqwlvwlfl Presented By HLA-A206
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6p64 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.05Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV12/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV38/TRAJ33 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSRTSPTDTQY | None | 12 |
| CDRB2 | FNNNVP | None | 6 |
| CDRB1 | SGHNS | None | 5 |
| CDRA3 | AFMDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | QEAYKQQN | None | 8 |
| CDRA1 | TSESDYY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.19° |
| BC1 | 73.85° |
| BA | -60.25° |
| AC2 | 88.96° |
| AC1 | 125.74° |
| dc | 17.04Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7byd_JI | 106.07° | 72.70° | -61.58° | 89.23° | 128.67° | 17.41Å | 3.6 |
| 3ffc_ED | 104.47° | 75.23° | -60.83° | 86.02° | 124.91° | 15.35Å | 3.9 |
| 7byd_ED | 106.28° | 72.10° | -62.40° | 91.36° | 127.86° | 17.61Å | 4.4 |
| 3ffc_JI | 103.86° | 75.46° | -60.90° | 85.32° | 124.06° | 15.35Å | 4.9 |
| 6xc9_ED | 103.47° | 74.34° | -60.13° | 84.82° | 124.02° | 15.88Å | 5.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2w60_AB | 111.29° | 72.16° | -56.81° | 86.34° | 123.74° | 16.34Å | 8.0 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 8.2 |
| 4jpw_HL | 112.65° | 71.66° | -58.66° | 89.39° | 123.36° | 16.92Å | 8.3 |
| 3rpi_AB | 111.40° | 72.07° | -59.66° | 84.25° | 122.88° | 16.71Å | 8.5 |
| 4lsv_HL | 112.42° | 71.79° | -57.42° | 87.34° | 123.18° | 16.92Å | 8.6 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV12/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV38/TRAJ33 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSRTSPTDTQY | None | 12 |
| CDRB2 | FNNNVP | None | 6 |
| CDRB1 | SGHNS | None | 5 |
| CDRA3 | AFMDSNYQLI | None | 10 |
| CDRA2 | QEAYKQQN | None | 8 |
| CDRA1 | TSESDYY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 102.94° |
| BC1 | 73.68° |
| BA | -61.72° |
| AC2 | 87.44° |
| AC1 | 125.40° |
| dc | 16.77Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3ffc_ED | 104.47° | 75.23° | -60.83° | 86.02° | 124.91° | 15.35Å | 3.1 |
| 6xc9_ED | 103.47° | 74.34° | -60.13° | 84.82° | 124.02° | 15.88Å | 3.6 |
| 3ffc_JI | 103.86° | 75.46° | -60.90° | 85.32° | 124.06° | 15.35Å | 3.6 |
| 3tyf_BA | 101.94° | 70.96° | -62.36° | 86.65° | 127.41° | 17.27Å | 3.7 |
| 6xc9_JI | 103.16° | 74.32° | -60.81° | 84.60° | 122.61° | 15.91Å | 4.2 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 8.8 |
| 3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 9.4 |
| 5te7_HL | 110.03° | 71.72° | -60.97° | 83.32° | 120.63° | 16.37Å | 9.7 |
| 3rpi_AB | 111.40° | 72.07° | -59.66° | 84.25° | 122.88° | 16.71Å | 9.7 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 9.8 |