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Structure of F11TCR in complex with Dr1 MHC Class Ii Presenting Pkyvkqntlklat
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6r0e |
| Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 1.91Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV24/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV8/TRAJ30 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | PKYVKQNTLKLAT |
| Antigen Length | 13 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DRA*0101 / HLA-DRB1*0101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ATSDESYGYT | None | 10 |
| CDRB2 | SFDVKD | None | 6 |
| CDRB1 | KGHDR | None | 5 |
| CDRA3 | AVSEQDDKII | A3-10-B | 10 |
| CDRA2 | YTSAATLV | A2-8-C | 8 |
| CDRA1 | SSVPPY | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 107.34° |
| BC1 | 76.53° |
| BA | -55.56° |
| AC2 | 78.95° |
| AC1 | 123.84° |
| dc | 16.03Å |
| Docking angle | 47.99° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8pjg_ED | 107.15° | 76.54° | -55.23° | 79.04° | 124.10° | 15.99Å | 0.5 |
| 6vrn_ED | 105.26° | 74.47° | -56.51° | 79.15° | 123.98° | 16.25Å | 3.1 |
| 3mbe_HG | 106.17° | 75.59° | -53.78° | 80.04° | 122.03° | 15.91Å | 3.1 |
| 3mbe_DC | 105.96° | 75.46° | -53.75° | 79.63° | 121.96° | 15.91Å | 3.2 |
| 5wkf_ED | 105.05° | 74.18° | -55.82° | 79.79° | 123.90° | 15.76Å | 3.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 4.1 |
| 1j05_BA | 112.63° | 74.17° | -55.51° | 81.57° | 122.31° | 15.88Å | 6.5 |
| 5ggt_HL | 112.17° | 73.19° | -56.75° | 79.87° | 120.94° | 16.41Å | 6.7 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 7.0 |
| 1mlc_DC | 111.18° | 74.81° | -53.86° | 82.25° | 119.71° | 16.04Å | 7.0 |