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Crystal Structure of the T-Cell Receptor Nye_S1 Bound to Hla a2*01-Sllmwitqv
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6rpb |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.5Å |
| Number of TCRs | 4 |
This PDB has 4 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ6 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | SLLMWITQV |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSYLNRDSALD | None | 12 |
| CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | AVKSGGSYIPT | None | 11 |
| CDRA2 | IYSDGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 102.54° |
| BC1 | 70.25° |
| BA | -55.94° |
| AC2 | 79.68° |
| AC1 | 124.75° |
| dc | 16.99Å |
| Docking angle | 70.01° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2gj6_ED | 100.49° | 70.12° | -55.19° | 80.35° | 125.00° | 17.00Å | 2.3 |
| 7n6e_HG | 102.63° | 71.19° | -56.97° | 81.44° | 123.69° | 16.62Å | 2.5 |
| 4eup_HG | 100.47° | 71.36° | -55.50° | 80.20° | 125.61° | 16.91Å | 2.6 |
| 5yxu_GF | 103.74° | 70.63° | -55.17° | 80.81° | 126.54° | 16.23Å | 2.7 |
| 7amr_BA | 100.70° | 72.13° | -55.83° | 80.70° | 124.34° | 16.62Å | 2.9 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 7.0 |
| 1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 7.4 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 7.6 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 8.1 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 8.4 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ6 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | SLLMWITQV |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSYLNRDSALD | None | 12 |
| CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | AVKSGGSYIPT | None | 11 |
| CDRA2 | IYSDGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 102.60° |
| BC1 | 70.52° |
| BA | -55.86° |
| AC2 | 80.51° |
| AC1 | 125.33° |
| dc | 17.05Å |
| Docking angle | 68.18° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5yxu_GF | 103.74° | 70.63° | -55.17° | 80.81° | 126.54° | 16.23Å | 2.0 |
| 5yxu_BA | 103.19° | 70.02° | -55.97° | 81.28° | 127.13° | 16.34Å | 2.2 |
| 5jzi_ED | 102.19° | 72.02° | -56.92° | 81.33° | 126.33° | 16.63Å | 2.3 |
| 7n6e_HG | 102.63° | 71.19° | -56.97° | 81.44° | 123.69° | 16.62Å | 2.3 |
| 2gj6_ED | 100.49° | 70.12° | -55.19° | 80.35° | 125.00° | 17.00Å | 2.3 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.9 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 7.6 |
| 1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 7.9 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 7.9 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 8.4 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | O |
| VA chain | N |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ6 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | M |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | SLLMWITQV |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | K | L |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | O | FASTA file |
|
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| VA | N | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSYLNRDSALD | None | 12 |
| CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | AVKSGGSYIPT | None | 11 |
| CDRA2 | IYSDGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.91° |
| BC1 | 70.36° |
| BA | -56.96° |
| AC2 | 80.73° |
| AC1 | 124.65° |
| dc | 17.02Å |
| Docking angle | 69.41° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5iw1_BA | 104.32° | 70.27° | -57.91° | 80.58° | 126.27° | 17.21Å | 1.9 |
| 7n6e_HG | 102.63° | 71.19° | -56.97° | 81.44° | 123.69° | 16.62Å | 2.0 |
| 5jzi_JI | 103.64° | 71.67° | -57.46° | 81.83° | 125.91° | 16.54Å | 2.3 |
| 7n6e_JI | 103.86° | 72.36° | -56.32° | 81.13° | 124.97° | 16.31Å | 2.3 |
| 6vth_BA | 102.74° | 71.64° | -57.94° | 81.95° | 125.13° | 17.18Å | 2.4 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.2 |
| 1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 6.6 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 6.7 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 6.8 |
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 7.2 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | T |
| VA chain | S |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ6 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | R |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | SLLMWITQV |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | P | Q |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | T | FASTA file |
|
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| VA | S | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSYLNRDSALD | None | 12 |
| CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | AVKSGGSYIPT | None | 11 |
| CDRA2 | IYSDGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.90° |
| BC1 | 70.20° |
| BA | -55.75° |
| AC2 | 81.00° |
| AC1 | 125.38° |
| dc | 17.10Å |
| Docking angle | 69.29° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5yxu_GF | 103.74° | 70.63° | -55.17° | 80.81° | 126.54° | 16.23Å | 1.6 |
| 5yxu_BA | 103.19° | 70.02° | -55.97° | 81.28° | 127.13° | 16.34Å | 2.1 |
| 7n6e_JI | 103.86° | 72.36° | -56.32° | 81.13° | 124.97° | 16.31Å | 2.4 |
| 5iw1_BA | 104.32° | 70.27° | -57.91° | 80.58° | 126.27° | 17.21Å | 2.4 |
| 5jzi_JI | 103.64° | 71.67° | -57.46° | 81.83° | 125.91° | 16.54Å | 2.5 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.0 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 6.5 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 6.8 |
| 1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 7.2 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 7.2 |