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Molecular Basis For Tumor infiltrating TCR Recognition of Hotspot Kras-G12D Mutation
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6ulr |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.2Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV5/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV4/TRAJ15 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSLGEGRVDGYT | None | 13 |
| CDRB2 | YYEEEE | None | 6 |
| CDRB1 | SGHDT | None | 5 |
| CDRA3 | LVGDMDQAGTALI | None | 13 |
| CDRA2 | GYKTK | None | 5 |
| CDRA1 | NIATNDY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 105.96° |
| BC1 | 73.47° |
| BA | -58.86° |
| AC2 | 84.49° |
| AC1 | 128.86° |
| dc | 16.82Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7su9_ED | 106.07° | 73.06° | -58.87° | 84.52° | 128.92° | 16.85Å | 0.4 |
| 6uln_ED | 105.42° | 73.24° | -58.64° | 84.32° | 129.08° | 16.84Å | 0.7 |
| 5wki_ED | 105.92° | 71.26° | -58.68° | 85.56° | 129.52° | 17.34Å | 2.6 |
| 2eyt_BA | 104.12° | 72.35° | -58.29° | 81.38° | 129.49° | 16.87Å | 3.9 |
| 5wjo_DC | 103.40° | 72.46° | -60.21° | 85.89° | 131.23° | 17.15Å | 4.1 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4hfu_HL | 112.36° | 71.78° | -58.26° | 83.56° | 125.23° | 16.51Å | 7.6 |
| 4ydl_HL | 108.56° | 70.76° | -54.72° | 85.96° | 123.49° | 15.98Å | 7.9 |
| 2w60_AB | 111.29° | 72.16° | -56.81° | 86.34° | 123.74° | 16.34Å | 8.0 |
| 3rpi_AB | 111.40° | 72.07° | -59.66° | 84.25° | 122.88° | 16.71Å | 8.2 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 8.4 |