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Structure of Hd14 TCR in complex with HLA-B7 Presenting an Ebv Epitope
Item | Info |
---|---|
PDB | 6vmx |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.1Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV4/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV24/TRAJ37 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | EPSTEIN-BARR VIRUS (STRAIN B95-8) |
Antigen Sequence | RPPIFIRRL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*0702 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSQDLFTGGYT | None | 12 |
CDRB2 | YSYEKL | None | 6 |
CDRB1 | MGHRA | None | 5 |
CDRA3 | AFGSSNTGKLI | None | 11 |
CDRA2 | MTLNGDE | None | 7 |
CDRA1 | SSNFYA | A1-6-E | 6 |
Angle | Value |
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BC2 | 97.91° |
BC1 | 72.02° |
BA | -69.60° |
AC2 | 71.42° |
AC1 | 119.51° |
dc | 16.44Å |
Docking angle | 55.61° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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5sws_ED | 98.74° | 73.37° | -69.99° | 73.69° | 118.68° | 16.27Å | 2.9 |
2cdf_BA | 99.27° | 71.38° | -67.40° | 72.79° | 118.99° | 16.70Å | 3.1 |
5d7l_HG | 100.58° | 73.05° | -69.45° | 73.19° | 120.48° | 16.93Å | 3.5 |
8trr_JI | 99.87° | 73.06° | -65.71° | 71.66° | 121.96° | 16.33Å | 5.1 |
5swz_JI | 101.31° | 73.66° | -71.00° | 74.12° | 121.61° | 16.68Å | 5.3 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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12e8_HL | 106.48° | 69.23° | -70.96° | 74.63° | 118.60° | 16.05Å | 9.7 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 9.8 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV4/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV24/TRAJ37 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | EPSTEIN-BARR VIRUS (STRAIN B95-8) |
Antigen Sequence | RPPIFIRRL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-B*0702 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSQDLFTGGYT | None | 12 |
CDRB2 | YSYEKL | None | 6 |
CDRB1 | MGHRA | None | 5 |
CDRA3 | AFGSSNTGKLI | None | 11 |
CDRA2 | MTLNGDE | None | 7 |
CDRA1 | SSNFYA | A1-6-E | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 98.32° |
BC1 | 72.14° |
BA | -68.27° |
AC2 | 72.16° |
AC1 | 119.17° |
dc | 16.56Å |
Docking angle | 54.95° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2cdf_BA | 99.27° | 71.38° | -67.40° | 72.79° | 118.99° | 16.70Å | 1.6 |
5sws_ED | 98.74° | 73.37° | -69.99° | 73.69° | 118.68° | 16.27Å | 2.7 |
5d7l_HG | 100.58° | 73.05° | -69.45° | 73.19° | 120.48° | 16.93Å | 3.2 |
8trr_JI | 99.87° | 73.06° | -65.71° | 71.66° | 121.96° | 16.33Å | 4.2 |
6cqr_ED | 102.63° | 72.40° | -68.09° | 74.17° | 120.23° | 15.99Å | 4.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 9.2 |
12e8_HL | 106.48° | 69.23° | -70.96° | 74.63° | 118.60° | 16.05Å | 9.4 |
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 9.6 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 9.7 |