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Structure of Human D462-E4 TCR
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 6xqq |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.68Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | B |
| VA chain | A |
| VB IMGT details | TRBV29/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ39 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | B | FASTA file |
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| VA | A | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | SVGGDSLIGNQPQH | None | 14 |
| CDRB2 | ANQGSEA | None | 7 |
| CDRB1 | SQVTM | None | 5 |
| CDRA3 | AVRDAGNMLT | None | 10 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.49° |
| BC1 | 70.41° |
| BA | -45.45° |
| AC2 | 84.55° |
| AC1 | 126.96° |
| dc | 16.97Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6xqp_FE | 104.15° | 71.19° | -47.39° | 84.80° | 127.18° | 17.21Å | 2.2 |
| 6xqp_HG | 103.80° | 71.51° | -48.22° | 84.50° | 126.59° | 16.88Å | 3.1 |
| 3vxu_ED | 106.29° | 69.31° | -49.40° | 85.23° | 125.93° | 17.29Å | 4.7 |
| 5bs0_ED | 101.94° | 71.33° | -45.62° | 87.50° | 124.02° | 16.22Å | 5.0 |
| 3vxt_DC | 105.54° | 68.24° | -49.02° | 82.96° | 128.68° | 17.67Å | 5.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5aum_AB | 108.02° | 70.08° | -43.21° | 85.51° | 119.94° | 16.13Å | 8.3 |
| 1cfn_BA | 107.76° | 67.31° | -50.48° | 85.90° | 120.10° | 16.45Å | 9.7 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | D |
| VA chain | C |
| VB IMGT details | TRBV29/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV12/TRAJ39 |
| Species | human |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | D | FASTA file |
|
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| VA | C | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | SVGGDSLIGNQPQH | None | 14 |
| CDRB2 | ANQGSEA | None | 7 |
| CDRB1 | SQVTM | None | 5 |
| CDRA3 | AVRDAGNMLT | None | 10 |
| CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
| CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.56° |
| BC1 | 71.46° |
| BA | -42.65° |
| AC2 | 87.57° |
| AC1 | 130.95° |
| dc | 17.09Å |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2eyr_BA | 105.43° | 68.62° | -46.73° | 86.93° | 131.51° | 17.76Å | 5.4 |
| 2eys_BA | 105.18° | 68.91° | -48.08° | 87.29° | 132.33° | 17.71Å | 6.4 |
| 6xqp_FE | 104.15° | 71.19° | -47.39° | 84.80° | 127.18° | 17.21Å | 6.7 |
| 6xqp_HG | 103.80° | 71.51° | -48.22° | 84.50° | 126.59° | 16.88Å | 7.7 |
| 5bs0_ED | 101.94° | 71.33° | -45.62° | 87.50° | 124.02° | 16.22Å | 7.8 |