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Crystal Structure of TCR4-1 Ectodomain
Item | Info |
---|---|
PDB | 7f5k |
Organism | MUS MUSCULUS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.00003Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV7/TRAJ33 |
Species | mouse |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGDMGAAEVF | None | 11 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AVSKGSNYQLI | None | 11 |
CDRA2 | IFSNGN | None | 6 |
CDRA1 | NSASQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 103.61° |
BC1 | 72.42° |
BA | -70.38° |
AC2 | 68.11° |
AC1 | 126.48° |
dc | 16.45Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5tje_FE | 106.54° | 73.15° | -71.52° | 69.90° | 125.46° | 16.62Å | 3.8 |
5til_LK | 106.68° | 73.40° | -71.92° | 69.72° | 124.78° | 16.55Å | 4.3 |
8trq_ED | 104.82° | 72.23° | -72.24° | 70.19° | 123.22° | 17.20Å | 4.5 |
5til_HG | 106.74° | 73.94° | -69.42° | 71.24° | 126.30° | 16.57Å | 4.8 |
5tje_HG | 107.04° | 73.34° | -68.47° | 71.17° | 127.35° | 16.67Å | 5.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1n4x_IM | 107.07° | 73.94° | -70.53° | 72.40° | 121.78° | 15.58Å | 7.5 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | D |
VA chain | C |
VB IMGT details | TRBV13/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV7/TRAJ33 |
Species | mouse |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | D | FASTA file |
|
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VA | C | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASGDMGAAEVF | None | 11 |
CDRB2 | SYGAGS | None | 6 |
CDRB1 | NNHNN | None | 5 |
CDRA3 | AVSKGSNYQLI | None | 11 |
CDRA2 | IFSNGN | None | 6 |
CDRA1 | NSASQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.07° |
BC1 | 71.79° |
BA | -62.77° |
AC2 | 75.29° |
AC1 | 123.23° |
dc | 16.79Å |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4x6d_HG | 106.02° | 72.33° | -61.93° | 75.96° | 122.76° | 16.56Å | 1.3 |
3tfk_DC | 107.12° | 71.92° | -64.14° | 75.40° | 123.45° | 16.86Å | 1.7 |
4x6c_FE | 105.64° | 72.65° | -62.07° | 76.83° | 123.03° | 16.49Å | 2.0 |
2xn9_BA | 105.51° | 72.32° | -61.82° | 74.17° | 124.46° | 16.45Å | 2.1 |
1u3h_FE | 107.39° | 72.28° | -61.98° | 75.12° | 124.59° | 16.64Å | 2.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 3.6 |
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 6.7 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 6.8 |
2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 6.8 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 6.9 |