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Ul40:01 TCR in complex with HLA-E with a Non-Natural amino acid
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 7ndt |
| Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 2.999Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV14/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV26/TRAJ37 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | VMAPRTLIL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-E*0103 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSQDRDTQY | None | 10 |
| CDRB2 | FVKESK | None | 6 |
| CDRB1 | SGHDN | None | 5 |
| CDRA3 | IVVRSSNTGKLI | None | 12 |
| CDRA2 | GLKNN | None | 5 |
| CDRA1 | TISGNEY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 107.81° |
| BC1 | 73.60° |
| BA | -63.54° |
| AC2 | 93.10° |
| AC1 | 128.98° |
| dc | 17.20Å |
| Docking angle | 36.80° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2esv_ED | 107.82° | 72.93° | -61.63° | 93.92° | 130.54° | 17.31Å | 2.7 |
| 7byd_ED | 106.28° | 72.10° | -62.40° | 91.36° | 127.86° | 17.61Å | 3.2 |
| 4z7v_HG | 111.21° | 73.03° | -62.36° | 92.92° | 131.88° | 17.12Å | 4.7 |
| 4z7v_FE | 111.26° | 73.06° | -61.69° | 93.39° | 131.70° | 17.14Å | 4.8 |
| 7byd_JI | 106.07° | 72.70° | -61.58° | 89.23° | 128.67° | 17.41Å | 4.8 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4jpw_HL | 112.65° | 71.66° | -58.66° | 89.39° | 123.36° | 16.92Å | 9.8 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV14/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV26/TRAJ37 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
| Antigen Sequence | VMAPRTLIL |
| Antigen Length | 9 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-E*0103 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
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| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSQDRDTQY | None | 10 |
| CDRB2 | FVKESK | None | 6 |
| CDRB1 | SGHDN | None | 5 |
| CDRA3 | IVVRSSNTGKLI | None | 12 |
| CDRA2 | GLKNN | None | 5 |
| CDRA1 | TISGNEY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 108.10° |
| BC1 | 73.44° |
| BA | -65.10° |
| AC2 | 92.34° |
| AC1 | 128.92° |
| dc | 17.26Å |
| Docking angle | 38.73° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7byd_ED | 106.28° | 72.10° | -62.40° | 91.36° | 127.86° | 17.61Å | 3.8 |
| 2esv_ED | 107.82° | 72.93° | -61.63° | 93.92° | 130.54° | 17.31Å | 4.2 |
| 4gg6_HG | 110.99° | 73.29° | -63.02° | 90.06° | 131.30° | 16.97Å | 4.9 |
| 4z7v_HG | 111.21° | 73.03° | -62.36° | 92.92° | 131.88° | 17.12Å | 5.1 |
| 3kps_ED | 108.71° | 71.81° | -63.92° | 89.41° | 132.56° | 17.63Å | 5.1 |