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Gag:02 TCR in complex with HLA-E Featuring a Non-Natural amino acid
Item | Info |
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PDB | 7ndu |
Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.9Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV7/TRBJ1 |
VA IMGT details | TRAV4/TRAJ23 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | RMYSPVSIL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-E*0103 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSLGREYGYT | None | 11 |
CDRB2 | FQNEAQ | None | 6 |
CDRB1 | SEHNR | None | 5 |
CDRA3 | LVGSSFNQGGKLI | None | 13 |
CDRA2 | GYKTK | None | 5 |
CDRA1 | NIATNDY | None | 7 |
Angle | Value |
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BC2 | 108.96° |
BC1 | 74.94° |
BA | -65.93° |
AC2 | 83.32° |
AC1 | 131.18° |
dc | 17.15Å |
Docking angle | 77.24° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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7ndq_ED | 108.48° | 75.73° | -66.33° | 83.23° | 130.91° | 17.20Å | 1.0 |
3kpr_JI | 108.88° | 73.13° | -69.22° | 86.90° | 130.46° | 17.11Å | 5.2 |
1kgc_ED | 109.35° | 71.85° | -63.15° | 86.71° | 130.57° | 17.26Å | 5.4 |
1mi5_ED | 109.30° | 72.73° | -63.43° | 87.70° | 131.17° | 17.09Å | 5.5 |
6avg_EB | 110.19° | 75.14° | -63.26° | 87.61° | 129.09° | 16.95Å | 5.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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3u7w_HL | 113.46° | 76.72° | -63.02° | 80.79° | 126.51° | 15.15Å | 8.0 |
4jdt_HL | 114.66° | 75.61° | -62.65° | 80.39° | 126.06° | 15.36Å | 9.0 |
4olu_HL | 114.69° | 76.70° | -61.58° | 81.18° | 126.60° | 15.29Å | 9.2 |
4olw_HL | 114.43° | 76.42° | -62.67° | 79.88° | 126.11° | 15.24Å | 9.2 |
4olx_HL | 114.28° | 76.79° | -61.98° | 80.35° | 126.04° | 15.18Å | 9.3 |