Detailed entry information.
Click on any of the tabs below to see the detailed information about the structure.
Crystal Structure of Jdi TCR in complex with HLA-A*11:01 Bound to Kras G12D Peptide (Vvvgadgvgk)
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 7pb2 |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.41Å |
| Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV19/TRAJ28 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VVVGADGVGK |
| Antigen Length | 10 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSYGPGQHNSPLH | None | 14 |
| CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | ALSGPSGAGSYQLT | None | 14 |
| CDRA2 | RNSFDEQN | None | 8 |
| CDRA1 | TRDTTYY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.19° |
| BC1 | 73.44° |
| BA | -57.08° |
| AC2 | 77.02° |
| AC1 | 125.99° |
| dc | 16.87Å |
| Docking angle | 44.48° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6tro_ED | 101.60° | 73.22° | -56.62° | 75.68° | 125.70° | 17.35Å | 2.2 |
| 7ea6_ED | 102.04° | 74.95° | -55.85° | 77.35° | 124.96° | 16.22Å | 2.6 |
| 3qdm_ED | 102.30° | 71.90° | -57.58° | 76.51° | 124.15° | 16.66Å | 2.7 |
| 5iw1_FE | 102.75° | 72.60° | -57.69° | 79.29° | 125.17° | 17.16Å | 2.7 |
| 7ow5_ED | 102.88° | 72.70° | -58.86° | 79.21° | 125.23° | 17.12Å | 3.0 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4yfl_HL | 109.78° | 73.75° | -56.79° | 79.59° | 122.71° | 16.13Å | 7.8 |
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.0 |
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.4 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.5 |
| 1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 9.8 |
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | J |
| VA chain | I |
| VB IMGT details | TRBV6/TRBJ1 |
| VA IMGT details | TRAV19/TRAJ28 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | H |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
| Antigen Sequence | VVVGADGVGK |
| Antigen Length | 10 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | F | G |
| MHC Type | MH1 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-A*1101 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | J | FASTA file |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| VA | I | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | ASSYGPGQHNSPLH | None | 14 |
| CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
| CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
| CDRA3 | ALSGPSGAGSYQLT | None | 14 |
| CDRA2 | RNSFDEQN | None | 8 |
| CDRA1 | TRDTTYY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 103.13° |
| BC1 | 73.39° |
| BA | -57.79° |
| AC2 | 76.91° |
| AC1 | 125.64° |
| dc | 16.86Å |
| Docking angle | 44.49° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3qdm_ED | 102.30° | 71.90° | -57.58° | 76.51° | 124.15° | 16.66Å | 2.3 |
| 6tro_ED | 101.60° | 73.22° | -56.62° | 75.68° | 125.70° | 17.35Å | 2.3 |
| 5iw1_FE | 102.75° | 72.60° | -57.69° | 79.29° | 125.17° | 17.16Å | 2.6 |
| 2p1y_Ca | 103.29° | 71.37° | -59.08° | 76.12° | 126.47° | 17.20Å | 2.7 |
| 7ow5_ED | 102.88° | 72.70° | -58.86° | 79.21° | 125.23° | 17.12Å | 2.7 |
| Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3bgf_BC | 109.96° | 71.90° | -55.10° | 81.62° | 123.51° | 15.76Å | 9.2 |
| 3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 9.6 |
| 3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 9.7 |
| 4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 9.9 |
| 4x4x_CD | 112.33° | 72.96° | -60.80° | 78.66° | 125.88° | 15.67Å | 9.9 |