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Crystal Structure of Parent TCR (728) complexed to HLA-A*02:01 Presenting Mage-a10 9-Mer Peptide
Item | Info |
---|---|
PDB | 7pdw |
Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 1.82Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | B |
VA chain | A |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ5 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | E |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | GLYDGMEHL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | C | D |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | B | FASTA file |
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VA | A | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSFTDTQY | None | 9 |
CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AVRGTGRRALT | None | 11 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 105.93° |
BC1 | 70.35° |
BA | -55.27° |
AC2 | 79.94° |
AC1 | 122.76° |
dc | 16.58Å |
Docking angle | 31.33° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6amu_ED | 105.30° | 68.73° | -54.79° | 79.13° | 122.23° | 16.29Å | 2.1 |
3qdg_ED | 105.95° | 69.72° | -55.67° | 78.72° | 121.20° | 16.13Å | 2.2 |
4l3e_ED | 105.62° | 70.06° | -53.59° | 79.99° | 121.11° | 16.22Å | 2.4 |
6am5_ED | 105.95° | 69.43° | -54.24° | 78.09° | 121.92° | 16.27Å | 2.5 |
7q9b_ED | 106.42° | 70.13° | -55.86° | 77.50° | 122.50° | 16.18Å | 2.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 3.9 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 4.1 |
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 4.7 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 5.0 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 5.3 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | G |
VA chain | F |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ5 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | J |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | GLYDGMEHL |
Antigen Length | 9 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | H | I |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | G | FASTA file |
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VA | F | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSFTDTQY | None | 9 |
CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AVRGTGRRALT | None | 11 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.27° |
BC1 | 70.34° |
BA | -57.26° |
AC2 | 79.62° |
AC1 | 122.55° |
dc | 16.65Å |
Docking angle | 32.87° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
3qdg_ED | 105.95° | 69.72° | -55.67° | 78.72° | 121.20° | 16.13Å | 2.4 |
7qpj_BA | 105.05° | 71.98° | -56.60° | 79.00° | 123.72° | 16.44Å | 2.5 |
7q9b_ED | 106.42° | 70.13° | -55.86° | 77.50° | 122.50° | 16.18Å | 2.6 |
7pbe_ED | 106.19° | 72.72° | -57.80° | 79.41° | 123.62° | 16.51Å | 2.7 |
3qdj_ED | 105.56° | 69.36° | -56.86° | 77.81° | 120.75° | 16.13Å | 2.9 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 4.4 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 5.1 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 5.3 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.3 |
3mo1_BA | 109.77° | 73.00° | -58.46° | 81.03° | 119.12° | 16.26Å | 5.9 |