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MHC Class I a02 allele Presenting Eaagigiltv, in complex with Mel8 TCR
Item | Info |
---|---|
PDB | 7q9b |
Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.24Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ8 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | EAAGIGILTV |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSYSFTEATYEQY | None | 14 |
CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AVQKLV | None | 6 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 106.42° |
BC1 | 70.13° |
BA | -55.86° |
AC2 | 77.50° |
AC1 | 122.50° |
dc | 16.18Å |
Docking angle | 47.31° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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3qdg_ED | 105.95° | 69.72° | -55.67° | 78.72° | 121.20° | 16.13Å | 1.9 |
6am5_ED | 105.95° | 69.43° | -54.24° | 78.09° | 121.92° | 16.27Å | 2.0 |
6uon_HG | 107.29° | 69.18° | -54.13° | 77.37° | 123.31° | 16.49Å | 2.3 |
3qdj_ED | 105.56° | 69.36° | -56.86° | 77.81° | 120.75° | 16.13Å | 2.3 |
7pdw_GF | 106.27° | 70.34° | -57.26° | 79.62° | 122.55° | 16.65Å | 2.6 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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1cfq_BA | 106.86° | 67.47° | -56.63° | 80.83° | 119.58° | 16.37Å | 5.2 |
3mnz_BA | 108.41° | 71.26° | -53.27° | 82.05° | 121.70° | 16.38Å | 5.8 |
1fj1_DC | 109.78° | 71.11° | -51.69° | 80.11° | 123.02° | 16.12Å | 6.1 |
3mnw_BA | 107.15° | 71.13° | -53.34° | 82.80° | 121.51° | 16.47Å | 6.1 |
3mnv_DC | 108.94° | 70.99° | -55.77° | 82.75° | 119.97° | 16.56Å | 6.4 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV12/TRAJ8 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | SYNTHETIC CONSTRUCT |
Antigen Sequence | EAAGIGILTV |
Antigen Length | 10 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH1 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-A*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSYSFTEATYEQY | None | 14 |
CDRB2 | SVGAGI | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | AVQKLV | None | 6 |
CDRA2 | IYSNGD | None | 6 |
CDRA1 | DRGSQS | None | 6 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.10° |
BC1 | 69.26° |
BA | -60.23° |
AC2 | 75.99° |
AC1 | 121.02° |
dc | 16.22Å |
Docking angle | 47.17° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6d78_ED | 106.84° | 69.27° | -58.19° | 76.84° | 120.60° | 16.00Å | 2.3 |
1tcr_BA | 108.17° | 70.94° | -61.03° | 74.90° | 121.61° | 16.78Å | 2.5 |
3qeu_BA | 106.82° | 71.63° | -59.08° | 77.04° | 122.60° | 16.48Å | 3.3 |
4y19_ED | 105.67° | 70.75° | -60.69° | 78.09° | 123.81° | 16.38Å | 4.1 |
3qdj_ED | 105.56° | 69.36° | -56.86° | 77.81° | 120.75° | 16.13Å | 4.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
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4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 5.3 |
5kte_HL | 112.24° | 69.79° | -60.09° | 77.74° | 119.92° | 16.52Å | 5.6 |
2vxu_IM | 110.96° | 71.68° | -62.78° | 78.60° | 119.89° | 16.17Å | 5.9 |
1e4w_HL | 112.41° | 67.66° | -61.66° | 78.59° | 120.88° | 16.17Å | 6.3 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 6.3 |