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Xpa5 TCR in complex with HLA-Dq2-alpha1
Item | Info |
---|---|
PDB | 7sg1 |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.1Å |
Number of TCRs | 2 |
This PDB has 2 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV29/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV4/TRAJ43 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | LQPFPQPELPYGSGGS |
Antigen Length | 16 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DQA1*0501 / HLA-DQB1*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | SVALGSDTGELF | None | 12 |
CDRB2 | ANQGSEA | None | 7 |
CDRB1 | SQVTM | None | 5 |
CDRA3 | LVGGLARDMR | None | 10 |
CDRA2 | GYKTK | None | 5 |
CDRA1 | NIATNDY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 108.08° |
BC1 | 69.88° |
BA | -51.96° |
AC2 | 88.28° |
AC1 | 133.28° |
dc | 18.06Å |
Docking angle | 37.20° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7sg2_ED | 106.67° | 69.23° | -53.38° | 88.19° | 132.97° | 18.09Å | 2.1 |
3t0e_DC | 104.85° | 71.10° | -52.97° | 88.52° | 133.53° | 17.82Å | 3.6 |
3o6f_HG | 104.58° | 69.75° | -54.07° | 87.97° | 132.76° | 17.81Å | 4.1 |
8sgb_DC | 104.44° | 69.27° | -53.20° | 89.63° | 135.21° | 18.20Å | 4.6 |
3pqy_JI | 107.68° | 69.73° | -56.20° | 90.17° | 132.20° | 18.07Å | 4.8 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV29/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV4/TRAJ43 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | HOMO SAPIENS |
Antigen Sequence | LQPFPQPELPYGSGGS |
Antigen Length | 16 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DQA1*0501 / HLA-DQB1*0201 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | SVALGSDTGELF | None | 12 |
CDRB2 | ANQGSEA | None | 7 |
CDRB1 | SQVTM | None | 5 |
CDRA3 | LVGGLARDMR | None | 10 |
CDRA2 | GYKTK | None | 5 |
CDRA1 | NIATNDY | None | 7 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 109.49° |
BC1 | 69.06° |
BA | -46.69° |
AC2 | 89.50° |
AC1 | 134.33° |
dc | 18.62Å |
Docking angle | 35.22° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
7sg2_JI | 108.94° | 69.01° | -46.77° | 89.54° | 135.13° | 18.66Å | 1.0 |
2eys_BA | 105.18° | 68.91° | -48.08° | 87.29° | 132.33° | 17.71Å | 5.5 |
2eyr_BA | 105.43° | 68.62° | -46.73° | 86.93° | 131.51° | 17.76Å | 5.7 |
7t2c_ED | 104.92° | 66.74° | -49.42° | 86.71° | 135.06° | 18.39Å | 6.5 |
4gg8_FE | 107.56° | 70.66° | -50.66° | 94.18° | 132.57° | 17.45Å | 7.0 |