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Crystal Structure of the 5F TCR in complex with HLA-Dp4-Ply
Item | Info |
---|---|
PDB | 7t2b |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 2.8Å |
Number of TCRs | 4 |
This PDB has 4 TCR(s).
Item | Info |
---|---|
VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV17/TRAJ32 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE |
Antigen Sequence | GATGLAWEWWRTVYE |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DPA1*0103 / HLA-DPB1*0401 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | ASSQGGGEQY | None | 10 |
CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | ATDKKGGATNKLI | None | 13 |
CDRA2 | IRSNERE | None | 7 |
CDRA1 | TSINN | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 108.07° |
BC1 | 71.08° |
BA | -64.40° |
AC2 | 80.15° |
AC1 | 124.66° |
dc | 16.67Å |
Docking angle | 36.42° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2nx5_PN | 108.96° | 72.02° | -62.01° | 80.86° | 124.76° | 16.37Å | 2.8 |
8vz8_DC | 105.58° | 71.75° | -65.27° | 80.76° | 124.60° | 16.54Å | 2.8 |
4g8f_BA | 106.37° | 71.74° | -62.87° | 78.56° | 124.53° | 16.77Å | 2.9 |
4mvb_DC | 108.62° | 71.71° | -62.21° | 78.49° | 125.19° | 16.54Å | 2.9 |
2nx5_JI | 107.82° | 71.33° | -61.50° | 79.33° | 124.52° | 16.64Å | 3.0 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 4.4 |
2zjs_HL | 111.63° | 69.76° | -63.89° | 80.09° | 121.84° | 15.83Å | 4.8 |
1ghf_HL | 110.63° | 71.68° | -61.52° | 81.98° | 122.12° | 16.05Å | 5.0 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 5.2 |
3wii_IM | 112.33° | 71.31° | -64.39° | 80.48° | 121.86° | 15.64Å | 5.2 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | J |
VA chain | I |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV17/TRAJ32 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | H |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE |
Antigen Sequence | GATGLAWEWWRTVYE |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | F | G |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DPA1*0103 / HLA-DPB1*0401 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | J | FASTA file |
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VA | I | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSQGGGEQY | None | 10 |
CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | ATDKKGGATNKLI | None | 13 |
CDRA2 | IRSNERE | None | 7 |
CDRA1 | TSINN | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 108.80° |
BC1 | 70.81° |
BA | -65.45° |
AC2 | 77.16° |
AC1 | 125.44° |
dc | 16.56Å |
Docking angle | 37.52° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4p4k_HG | 106.28° | 71.17° | -65.08° | 76.50° | 126.10° | 16.76Å | 2.7 |
6mnm_BA | 107.37° | 72.00° | -63.62° | 77.00° | 125.68° | 16.98Å | 2.7 |
6mkd_BA | 107.20° | 71.88° | -64.03° | 76.05° | 126.43° | 17.05Å | 2.9 |
4p4k_DC | 106.63° | 72.04° | -65.99° | 75.64° | 125.63° | 16.65Å | 3.0 |
6mng_BA | 106.81° | 72.63° | -65.58° | 75.48° | 124.97° | 16.81Å | 3.2 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
2zjs_HL | 111.63° | 69.76° | -63.89° | 80.09° | 121.84° | 15.83Å | 5.8 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 5.9 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 6.2 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 6.2 |
3wii_IM | 112.33° | 71.31° | -64.39° | 80.48° | 121.86° | 15.64Å | 6.2 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | O |
VA chain | N |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV17/TRAJ32 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | M |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE |
Antigen Sequence | GATGLAWEWWRTVYE |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | K | L |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DPA1*0103 / HLA-DPB1*0401 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | O | FASTA file |
|
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VA | N | FASTA file |
|
Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSQGGGEQY | None | 10 |
CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | ATDKKGGATNKLI | None | 13 |
CDRA2 | IRSNERE | None | 7 |
CDRA1 | TSINN | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 108.26° |
BC1 | 71.46° |
BA | -66.53° |
AC2 | 77.16° |
AC1 | 123.89° |
dc | 16.44Å |
Docking angle | 37.61° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
6mng_BA | 106.81° | 72.63° | -65.58° | 75.48° | 124.97° | 16.81Å | 2.9 |
4p4k_DC | 106.63° | 72.04° | -65.99° | 75.64° | 125.63° | 16.65Å | 2.9 |
7n2p_FD | 107.08° | 72.98° | -65.93° | 76.83° | 121.72° | 15.83Å | 3.0 |
3tf7_Kk | 107.96° | 70.69° | -66.52° | 74.33° | 123.32° | 17.13Å | 3.1 |
4mxq_DC | 107.70° | 72.07° | -64.15° | 75.68° | 123.06° | 16.76Å | 3.1 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
5jue_HL | 106.42° | 70.98° | -68.16° | 76.41° | 119.66° | 16.06Å | 5.0 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 5.1 |
4yfl_FI | 106.92° | 71.36° | -64.48° | 73.60° | 120.95° | 15.85Å | 5.3 |
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 5.3 |
1jv5_BA | 111.45° | 73.74° | -67.77° | 74.39° | 122.07° | 15.49Å | 5.4 |
Item | Info |
---|---|
VB chain | T |
VA chain | S |
VB IMGT details | TRBV6/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV17/TRAJ32 |
Species | human |
Item | Info |
---|---|
Antigen Chain | R |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE |
Antigen Sequence | GATGLAWEWWRTVYE |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
---|---|
MHC Chain | P | Q |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DPA1*0103 / HLA-DPB1*0401 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | T | FASTA file |
|
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VA | S | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
---|---|---|---|
CDRB3 | ASSQGGGEQY | None | 10 |
CDRB2 | SVGEGT | None | 6 |
CDRB1 | MNHEY | None | 5 |
CDRA3 | ATDKKGGATNKLI | None | 13 |
CDRA2 | IRSNERE | None | 7 |
CDRA1 | TSINN | None | 5 |
Angle | Value |
---|---|
BC2 | 107.92° |
BC1 | 71.65° |
BA | -66.21° |
AC2 | 79.15° |
AC1 | 123.48° |
dc | 16.50Å |
Docking angle | 36.81° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
4ei5_HG | 108.40° | 72.98° | -66.66° | 80.45° | 123.55° | 16.65Å | 2.0 |
2nw2_BA | 105.62° | 72.42° | -66.59° | 78.59° | 124.81° | 16.89Å | 2.9 |
8vz8_DC | 105.58° | 71.75° | -65.27° | 80.76° | 124.60° | 16.54Å | 3.2 |
7n2p_FD | 107.08° | 72.98° | -65.93° | 76.83° | 121.72° | 15.83Å | 3.4 |
4ei6_DC | 105.99° | 71.66° | -68.94° | 79.57° | 124.58° | 16.60Å | 3.5 |
Antibody PDB | HC2 | HC1 | HL | LC2 | LC1 | dc | ABangle Distance |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1nmc_HL | 110.09° | 71.80° | -64.06° | 80.19° | 120.88° | 16.16Å | 4.2 |
3s96_AB | 107.61° | 73.57° | -66.51° | 82.70° | 120.78° | 16.43Å | 4.9 |
4uil_HL | 109.73° | 69.62° | -65.41° | 77.88° | 119.52° | 16.24Å | 5.0 |
4dcq_BA | 108.30° | 73.42° | -64.76° | 82.94° | 120.98° | 16.23Å | 5.1 |
2zjs_HL | 111.63° | 69.76° | -63.89° | 80.09° | 121.84° | 15.83Å | 5.2 |