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Crystal Structure of the B5 TCR in complex with HLA-Dp4-Ply
Item | Info |
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PDB | 7t2c |
Organism | HOMO SAPIENS |
Method | X-RAY DIFFRACTION |
Resolution | 3.1Å |
Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
Item | Info |
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VB chain | E |
VA chain | D |
VB IMGT details | TRBV20/TRBJ2 |
VA IMGT details | TRAV4/TRAJ8 |
Species | human |
Item | Info |
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Antigen Chain | C |
Antigen Type | Peptide |
Antigen Organism | STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE |
Antigen Sequence | GATGLAWEWWRTVYE |
Antigen Length | 15 |
Item | Info |
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MHC Chain | A | B |
MHC Type | MH2 |
MHC Species | human |
MHC IMGT details | HLA-DPA1*0103 / HLA-DPB1*0401 |
Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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VB | E | FASTA file |
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VA | D | FASTA file |
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Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
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CDRB3 | SARDPGGGGSSYEQY | None | 15 |
CDRB2 | SNEGSKA | None | 7 |
CDRB1 | DFQATT | None | 6 |
CDRA3 | LVGDTGFQKLV | None | 11 |
CDRA2 | GYKTK | None | 5 |
CDRA1 | NIATNDY | None | 7 |
Angle | Value |
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BC2 | 104.92° |
BC1 | 66.74° |
BA | -49.42° |
AC2 | 86.71° |
AC1 | 135.06° |
dc | 18.39Å |
Docking angle | 51.72° |
TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
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2eys_BA | 105.18° | 68.91° | -48.08° | 87.29° | 132.33° | 17.71Å | 3.9 |
4pj8_DC | 103.12° | 69.08° | -49.98° | 85.22° | 131.61° | 17.49Å | 4.9 |
2eyr_BA | 105.43° | 68.62° | -46.73° | 86.93° | 131.51° | 17.76Å | 4.9 |
8sgb_DC | 104.44° | 69.27° | -53.20° | 89.63° | 135.21° | 18.20Å | 5.4 |
4dzb_BA | 105.86° | 68.09° | -51.34° | 83.86° | 131.28° | 17.17Å | 5.5 |