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Crystal Structure of the B5 TCR in complex with HLA-Dp4-Ply
| Item | Info |
|---|---|
| PDB | 7t2c |
| Organism | HOMO SAPIENS |
| Method | X-RAY DIFFRACTION |
| Resolution | 3.1Å |
| Number of TCRs | 1 |
This PDB has 1 TCR(s).
| Item | Info |
|---|---|
| VB chain | E |
| VA chain | D |
| VB IMGT details | TRBV20/TRBJ2 |
| VA IMGT details | TRAV4/TRAJ8 |
| Species | human |
| Item | Info |
|---|---|
| Antigen Chain | C |
| Antigen Type | Peptide |
| Antigen Organism | STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE |
| Antigen Sequence | GATGLAWEWWRTVYE |
| Antigen Length | 15 |
| Item | Info |
|---|---|
| MHC Chain | A | B |
| MHC Type | MH2 |
| MHC Species | human |
| MHC IMGT details | HLA-DPA1*0103 / HLA-DPB1*0401 |
| Chain type | Chain ID | FASTA/Annotation file | IMGT numbered sequence (Framework/CDR) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VB | E | FASTA file |
|
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| VA | D | FASTA file |
|
| Loop | Sequence | Predicted canonical form | CDR Length |
|---|---|---|---|
| CDRB3 | SARDPGGGGSSYEQY | None | 15 |
| CDRB2 | SNEGSKA | None | 7 |
| CDRB1 | DFQATT | None | 6 |
| CDRA3 | LVGDTGFQKLV | None | 11 |
| CDRA2 | GYKTK | None | 5 |
| CDRA1 | NIATNDY | None | 7 |
| Angle | Value |
|---|---|
| BC2 | 104.92° |
| BC1 | 66.74° |
| BA | -49.42° |
| AC2 | 86.71° |
| AC1 | 135.06° |
| dc | 18.39Å |
| Docking angle | 51.72° |
| TCR PDB | BC2 | BC1 | BA | AC2 | AC1 | dc | TRangle Distance |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2eys_BA | 105.18° | 68.91° | -48.08° | 87.29° | 132.33° | 17.71Å | 3.9 |
| 4pj8_DC | 103.12° | 69.08° | -49.98° | 85.22° | 131.61° | 17.49Å | 4.9 |
| 2eyr_BA | 105.43° | 68.62° | -46.73° | 86.93° | 131.51° | 17.76Å | 4.9 |
| 8sgb_DC | 104.44° | 69.27° | -53.20° | 89.63° | 135.21° | 18.20Å | 5.4 |
| 4dzb_BA | 105.86° | 68.09° | -51.34° | 83.86° | 131.28° | 17.17Å | 5.5 |